Ks.prof. Józef Krukowski od 1985 r. jest profesorem zwyczajnym. W latach 1978-87 sprawował urząd dziekana Wydziału Prawa Kanonicznego KUL. Jako dziekan, w okresie powstawania „Solidarności”, podjął starania, które zostały uwieńczone reaktywowaniem Wydziału Prawa, zlikwidowanego przez władze stalinowskie. Poza KUL-em prowadzi działalność dydaktyczną również na Uniwersytecie Kardynała Stefana Wyszyńskiego w Warszawie (od 1993 r.); w latach 1993-2003 miał wykłady na Uniwersytecie w Preszowie na Słowacji; w 1991 r. prowadził wykłady w charakterze „visiting profesor” na kilku uniwersytetach w Stanach Zjednoczonych (St. John University, New York, N.Y.; St. Mary University, San Antonio, Texas; Union University, Albany, N.Y.). W latach 1973-81 - członek Komisji Prawnej Episkopatu Polski; 1993-98 - ekspert sejmowej Komisji Nadzwyczajnej ds. rozpatrzenia projektu ustawy o ratyfikacji Konkordatu między Stolicą Apostolską a Polską; 1994-97 - przedstawiciel Episkopatu Polski w Komisji Konstytucyjnej Zgromadzenia Narodowego; 1998-2001 - członek Doradczego Komitetu Prawnego przy Ministrze Spraw Zagranicznych; 1980-84 - członek Komitetu Nauk Prawnych Polskiej Akademii Nauk; 1990-93 - członek Centralnego Komitetu ds. Tytułu i Stopni Naukowych przy Prezesie Rady Ministrów w Warszawie. Od 2003 r. jest członkiem oddziału lubelskiego Polskiej Akademii Nauk i zastępcą przewodniczącego Komisji Prawniczej tego oddziału; od 2002 r. - współprzewodniczącym polsko-niemieckiej organizacji Stiftung Gesellschaft für Religion und Religionsfreiheit in EU z siedzibą w Trewirze oraz współpracuje z instytucjami naukowymi w różnych krajach. Jest członkiem wielu towarzystw naukowych krajowych i międzynarodowych.
Został odznaczony Krzyżem Kawalerskim Orderu Polonia Restituta (2001 r.), Krzyżem Oficerskim Orderu Odrodzenia Polski (2009 r.), Medalem Komisji Edukacji Narodowej za szczególne zasługi dla oświaty i wychowania (2006 r.), Złotym Medalem za Długoletnią Służbę - od Prezydenta RP (2009 r.).
Na seminariach naukowych wypromował ponad 200 magistrów oraz 50 doktorów nauk prawnych narodowości polskiej, niemieckiej, ukraińskiej i słowackiej, z których 6 uzyskało stopień doktora habilitowanego. Jest promotorem doktorów honoris causa, do których należą: prof. dr Berndt Rüthers, abp dr Józef Kowalczyk, prof. dr Tarcisio kard. Bertone, dr Hanna Suchocka. Z jego inicjatywy prof. Andrzej Stelmachowski, prof. Krzysztof Skubiszewski, Marek Safjan otrzymali nagrodę TN KUL im. ks. Idziego Radziszewskiego.
Ks. prof. Józef Krukowski jest autorem ponad 500 publikacji naukowych, napisanych w językach: polskim, angielskim, niemieckim, włoskim, hiszpańskim, czeskim i słowackim. Do najbardziej znanych w języku polskim należą: „Konkordaty współczesne. Doktryna. Teksty (1964-1994)”, Warszawa 1995; „Konkordat polski. Znaczenie i realizacja”, Lublin 1999; „Kościół i państwo. Podstawy relacji prawnych”, Lublin 2000, wyd. 2; „Polskie prawo wyznaniowe”, Warszawa 2008, wyd. 4 oraz wielotomowy „Komentarz do Kodeksu Prawa Kanonicznego”, Poznań 2003-07.
Działalność ks. prof. Krukowskiego, chociażby przez organizowanie międzynarodowych konferencji z cyklu „Kultura i prawo”, które odbyły się m.in. w Sejmie (2-4 września 2002 r.), przyczyniła się do zbliżenia między narodami naszej części Europy.