7 czerwca 1999 r., w trzecim dniu pielgrzymki do Ojczyzny, Jan Paweł II przybył do Torunia, by spotkać się z wiernymi diecezji toruńskiej oraz przedstawicielami świata nauki. Program nawiedzenia Kościoła toruńskiego był bardzo bogaty. Po powitaniu na lotnisku, gdzie wylądował papieski helikopter, Ojciec Święty przejechał papamobile ulicami Torunia do rezydencji Biskupa toruńskiego. Wzdłuż trasy przejazdu i na ulicach pięknej Starówki mieszkańcy miasta witali i pozdrawiali Ojca Świętego - Honorowego Obywatela Torunia. W auli Uniwersytetu Mikołaja Kopernika Ojciec Święty spotkał się z delegacjami najważniejszych ośrodków akademickich w Polsce. Na spotkanie przybyło ponad 200 rektorów uczelni wyższych i kierowników instytucji naukowych oraz studenci. Papież skierował do ludzi nauki półgodzinne wystąpienie nawiązujące do encykliki „Fides et ratio”. „Wiara i rozum to dwa skrzydła, na których duch ludzki unosi się ku kontemplacji prawdy. Potrzebna jest dzisiaj praca na rzecz pojednania wiary i rozumu” - mówił m.in. Jan Paweł II. Przedstawiciele nauki słuchali tych słów w skupieniu, na koniec zaś podziękowali owacją na stojąco.
Jan Paweł II udał się następnie na plac celebry, gdzie oczekiwało na niego ok. 300 tys. pielgrzymów. Przygotowany na tę okoliczność ołtarz według projektu inż. Andrzeja Ryczka konstrukcją nawiązywał do starych świątyń toruńskich. Miał formę strzelistych gotyckich sklepień, a w jego centrum znalazło się Drzewo Życia - replika średniowiecznego krucyfiksu z kościoła św. Jakuba w Toruniu.
„Błogosławiony, który przybywa w imię Pana” - takimi słowami biskup toruński Andrzej Suski witał Jana Pawła II oraz zwrócił się z prośbą o włączenie w poczet błogosławionych ks. Stefana Wincentego Frelichowskiego.
Podczas nabożeństwa czerwcowego Następca św. Piotra, modlił się o pokój w sercach, rodzinach, narodzie i na całym świecie. Wyniósł do godności błogosławionych ks. Stefana Wincentego Frelichowskiego, który podczas II wojny światowej przeszedł męczeńską drogę w obozach koncentracyjnych: Stutthof, Sachsenchausen i Dachau, której finałem była męczeńska śmierć 23 lutego 1945 r.
Na zakończenie wizyty w Toruniu Ojciec Święty wyraził radość ze spotkania z wiernymi diecezji i serdecznie pozdrowił wszystkich pielgrzymów, m.in. Rodzinę Radia Maryja, prosząc: „Budujcie cywilizację miłości w duchu prawdziwego dialogu”. Diecezję toruńską zawierzył Matce Bożej Nieustającej Pomocy i bł. ks. Stefanowi Wincentemu Frelichowskiemu.
Owocem wizyty Jana Pawła II była beatyfikacja ks. Frelichowskiego. Z tej racji na toruńskim Podgórzu utworzono 9 września 1999 r. parafię pw. nowego Błogosławionego. Budowana tam świątynia wznoszona jest na planie ołtarza papieskiego. Pamiątki związane z pobytem Jana Pawła II wierni mogą oglądać w toruńskich świątyniach. Krucyfiks - Drzewo Życia, stanowiący centrum papieskiego ołtarza, umieszczony został w Diecezjalnym Sanktuarium Miłosierdzia Bożego w Toruniu, przypominając o tym najważniejszym Bożym przymiocie - jak zwykł mówić Jan Paweł II - Bożym Miłosierdziu. W toruńskiej katedrze znajdują się tron papieski oraz kielich, który Jan Paweł II podarował tej świątyni. Te ślady pamięci - zarówno materialne, jak i duchowe - przypominają nam o obecności Jana Pawła II w Toruniu.