Od 29 lat, tzn. od momentu pierwszych domniemanych objawień w Medjugorje, toczy się żywa dyskusja na temat ich autentyczności. W sprawie tej zabierało głos również wielu hierarchów, włącznie z biskupem Mostaru - chodziło jednak zawsze o opinie i osądy prywatne, często bardzo krytyczne. Kościół katolicki wypowiedział się oficjalnie na temat Medjugorie dwa razy: specjalną deklarację wydała Konferencja Biskupów Jugosławii, zgromadzona w Zadarze w dniach 9-11 kwietnia 1991 r., a Kongregacja Nauki Wiary wystosowała list w tej sprawie w 1998 r., podpisany przez jej ówczesnego sekretarza abp. Tarcisio Bertone.
Co wynika z tych dokumentów? Przede wszystkim to, że Stolica Apostolska nie uznała jeszcze oficjalnie objawień i że jest to ciągle kwestia otwarta. Z drugiej jednak strony - biskupi dawnej Jugosławii przyznają, że Medjugorie jest miejscem pobożności maryjnej, dlatego wszyscy mogą tam pielgrzymować prywatnie - w takim przypadku Kościół powinien zapewnić opiekę duszpasterską nad pielgrzymami; pielgrzymki oficjalne natomiast są zabronione.
Szczególne kontrowersje wzbudziło zawarte w dokumentach stwierdzenie: „non constat de supernaturalitate”, co można przetłumaczyć: „nie stwierdzono faktów nadprzyrodzonych”. Niektórzy uznali to za dowód, że Watykan neguje autentyczność objawień, co nie jest prawdą, gdyż w takim przypadku zastosowano by inne wyrażenie, a mianowicie: „constat de non supernaturalitate” („stwierdza się, że fakty nie mają charakteru nadprzyrodzonego”). Pierwsze wyrażenie oznacza jedynie, że na obecnym etapie badań Kościół nie może stwierdzić, iż jest to z całą pewnością zjawisko nadprzyrodzone, ale kwestia ma charakter otwarty. Jednym słowem - do czasu, gdy
Kościół wypowie się na ten temat w sposób definitywny, możemy wierzyć lub nie w objawienia w Medjugorie, zachowując roztropność i wsłuchując się w głos Urzędu Nauczycielskiego Kościoła.