Mija pięćdziesiąt lat, odkąd ks. prof. Jan Kowalski podjął wykłady z teologii moralnej w Częstochowskim Wyższym Seminarium Duchownym w Krakowie. Choć na początku zajmował się opisywaniem historii tej subdyscypliny teologicznej, najbardziej interesowały go współczesne zagadnienia etyczne.
Poświęcił się więc problematyce wojny i zbrojeń, inżynierii genetycznej, karze śmierci, eutanazji, moralnym aspektom kultury i mediów, chorobie AIDS oraz zagrożeniom ze strony sekt. Wśród zainteresowań badawczych ks. Kowalskiego - następcy kard. Karola Wojtyły na Katedrze Teologii Moralnej PWT w Krakowie - wysuwa się także problematyka wyzwań, wobec jakich stoi teologia moralna dzisiaj. Byłoby trudno pominąć tu wrażliwość Księdza Profesora na problemy etyki społecznej, w ramach której interesował się demokracją i polityką, sprawiedliwym podziałem dóbr, kryzysem tożsamości kapłanów, wezwaniem do wspólnotowego życia kleru. W jego dorobku nie brak też artykułów o moralnych aspektach zjednoczenia Europy, relatywizacji zasad moralnych w świecie współczesnym, zagrożeniach dla wiary, braku zrozumienia dla świętowania niedzieli czy sekularyzacji życia.

Siał dzielnie

Ksiądz Profesor nigdy nie szukał kariery. Pragnie zawsze naśladować Chrystusa w praegzystencji: On przecież nie przyszedł na świat, aby mu służono, lecz aby innym służyć. Służy ludziom bardzo ofiarnie, w sposób trudny do opisania bez motywów nadprzyrodzonych. W tej służbie widzi sens swego życia. Jednym z wyrazów owej służby są prace dyplomowe, napisane pod jego kierunkiem. W środowisku krakowskim na jego seminarium naukowym 25 studentów napisało prace doktorskie, 50 - licencjackie, a ponad 350 absolwentów obroniło prace magisterskie. W środowisku wrocławskim wypromował 7 doktorów i ponad 130 magistrów, a 20 studentów przygotowało na jego seminarium rozprawy licencjackie. Jest znakomitym wychowawcą licznych pokoleń kapłańskich w Częstochowie, Krakowie i Wrocławiu. Wykształcił w tych środowiskach grono wybornych profesorów i wychowawców. Należą do nich m.in.: sufragan archidiecezji wrocławskiej bp dr Edward Janiak i jego brat ks. dr Krzysztof Janiak, ks. dr Andrzej Szafulski, ks. prof. dr hab. Tadeusz Reroń, ks. prof. dr hab. Jan Orzeszyna, ks. dr Marian Duda. Jego uczniem jest znakomity i utalentowany duszpasterz - ks. prał. dr Wojciech Tokarz.
W ciągu 50 lat wychował zastępy gorliwych duszpasterzy i świeckich teologów. Tę wielką pracę dostrzegła Rada Papieskiego Wydziału Teologicznego we Wrocławiu, która w uznaniu jego oddania na polu badań naukowych 25 lutego 2002 r. podjęła jednomyślną uchwałę, aby nadać Profesorowi doktorat honoris causa, a więc swoje najwyższe odznaczenie.
W ten sposób ks. prof. Kowalski dołączył do grona wyjątkowych doktorów honoris causa Wydziału. Są nimi: kard. dr Henryk Gulbinowicz, kard. dr Joachim Meisner, kard. dr Joachim Degenhardt, były kanclerz Republiki Federalnej Niemiec dr Helmut Kohl oraz kard. prof. dr hab. Joseph Ratzinger - dziś Benedykt XVI.

Wielki umysł i serce

Jubilat traktuje naukę jako wytrwałe, a nieraz uporczywe dążenie do prawdy. Słowa Pisma Świętego na temat prawdy są najdroższe jego sercu. Dzięki m.in. jego pracom polska teologia moralna nabrała wymiarów europejskich. Z tego też powodu ks. prof. Kowalski należy obecnie do klasyków teologii moralnej. Z drugiej strony - poszukiwanie rozumienia wiary Ksiądz Profesor pogłębia na drodze czynnej miłości - chętnie, a zarazem dyskretnie, ale i bardzo często, pomaga materialnie ludziom potrzebującym, studiującej młodzieży, ubogim parafiom, jak również kapłanom, szczególnie schorowanym.
Ks. prof. Jan Kowalski jest człowiekiem wielkiego uroku osobistego. Wszędzie z radością się go oczekuje. Jest dla wszystkich przyjazny. W imię prawdy jasno określa swoje poglądy; nie narzuca jednak innym własnych sposobów zapatrywania. Jest profesorem chrześcijańskiej tolerancji w najlepszym znaczeniu tego słowa. Dzięki zaś posiadaniu cnoty dyskrecji, i to w wysokim stopniu, otwierają się przed nim kapłani i klerycy, osoby życia konsekrowanego, studenci i osoby świeckie. Chce i potrafi pomóc innym. Jego konfesjonał - a nawet i mieszkanie prywatne - to wielkie „refugium peccatorum” (ucieczka grzeszników). Jako wieloletni ojciec duchowny ma wielką intuicję w sprawach życia duchownego, w różnego rodzaju kwestiach poplątanych i zawikłanych. Tylko opierając się na archiwach niebieskich, dałoby się odtworzyć, ilu ludziom skutecznie pomógł, ilu wyratował od rozpaczy, i to w sytuacji po ludzku bez wyjścia. Wiele osób duchownych uchronił od depresji, różnego rodzaju załamań duchowych czy udręk.
Teologia jako bezinteresowna służba wspólnocie wiernych ze swej istoty - zdaniem Jana Pawła II - wymaga także obiektywnej dyskusji, braterskiego dialogu oraz otwartości i gotowości do modyfikacji własnych opinii (por. Jan Paweł II, Przemówienie do teologów w Altötting, 18 listopada 1980 r., „L’Osservatore Romano, wyd. pol. 3/1981/nr 2, s. 17). Taką postawę ujawniał i tego nauczał ks. prof. dr hab. Kowalski swoich studentów przez 50 lat pracy naukowo-dydaktycznej. Chwała mu za to i wdzięczność, że był zawsze teologiem w Kościele i dla Kościoła.