Biskup Jan z niepełnosprawnymi był związany od dawna. Jeszcze jako biskup pomocniczy w Toruniu często odwiedzał Centrum Rehabilitacji w Grudziądzu. Dzielił się z niepełnosprawnymi własnym sercem i wrażliwością. Tego nie sposób zapomnieć. Po śmierci organizacja ta przyjęła jego imię. W 10-lecie swej działalności niepełnosprawni zapragnęli bliżej poznać swojego Patrona i przekazać mu cząstkę siebie. Przyjechali do Iwanisk. Dotykali wszystkiego, co było bliskie Biskupowi Janowi za życia, aby lepiej poznać jego osobowość, zamiłowania, rodzinę, parafię, w której był ochrzczony. Poznali matkę Księdza Biskupa, rodzeństwo, mieszkańców Iwanisk. Malowali, rzeźbili, a także śpiewali na zamku w Ujeździe. Zostawili swoje prace malarskie i rzeźbiarskie. Wystawę ich prac oglądali mieszkańcy Iwanisk.
Proboszcz ks. Krzysztof Rusiecki wspomina, że bp Chrapek miał doskonały kontakt z każdym człowiekiem, z tym niepełnosprawnym chyba najbardziej, a oni czuli w nim bratnią duszę.
Bp Chrapek interesował się również sztuką. Jego wielką wrażliwość i nieprawdopodobną osobowość wspomina prof. Wincenty Kuczma: „To osobowość, która łączy. Teraz mogę zdefiniować to jego przylgnięcie do osób. To jest takie jakby zrozumienie drugiej osoby do końca. Wyczuwał doskonale wszystkie problemy, które były problemami ludzkimi, trudnymi, które trzeba było niejednokrotnie z wielką delikatnością rozwiązywać i prowadzić. To była osoba, która się potrafiła jakoś dogłębnie, do środka wryć, wkotwiczyć i budować. Mimo że jego już nie ma, to ja ciągle jestem z nim” – powiedział.
S. Agnieszka Chrapek uważa, że jej brat patrzył na człowieka w innym wymiarze – przede wszystkim patrzył od strony tego, „co w nim gra”, czym on się posługuje, jakie ma motywacje, jakie są jego najgłębsze złoża. Sprawa niepełnosprawnych była mu droga ze względu na to, że ci ludzie są jakby poszkodowani na zewnątrz, ale mają niejednokrotnie może głębszą refleksję o życiu.
Pani Elżbieta Sobieraj – mama dziecka niepełnosprawnego znała Biskupa Jana i pamięta ostatnie z nim spotkanie, kiedy było jej bardzo ciężko: „Wtedy mnie bardzo mocno przytulił i powiedział, że nie ma piękniejszych rodziców od rodziców dzieci niepełnosprawnych – wspomina. – Zapewnił też, że te dzieci dają wiele miłości i ich rodzice również i że jest to miłość najczystsza”.
Ksiądz Biskup marzył, aby w Radomiu stworzyć Centrum dla dzieci niepełnosprawnych i ich rodziców. Dzisiaj jego śladami idą mieszkańcy Radomia. Pani Elżbieta jest przedstawicielką Funduszu im. bp. Chrapka w Radomiu, który ma ocalić wszystko, w co on wierzył, żeby nic się nie zmarnowało.
Kazimierz Chrapek – brat Biskupa Jana wspomina słowa mamy, która zastanawiała się, dlaczego tak ludzie szanują jej syna, co on dla nich zrobił. A ludzie zachwycali się jego postawą, bliskością, jego prostotą. Był człowiekiem, który odnosił się do drugiego jak bliźni.
Genowefa Chrapek, mama Księdza Biskupa: „On strasznie uważał tych niepełnosprawnych, kochał ich bardzo, chciał im pomóc, widział w nich prawdziwe oblicze Boże. (...) on żyje i wszystko widzi i wszystko czuje, wszystko wie, co się dzieje. Na pewno jest z tego bardzo zadowolony. A ja to przeżywam jako matka”.
Poseł Konstanty Miodowicz tak podsumował prace bp. Jana: „Bp Chrapek inicjował działania o charakterze szerszym; działania, które wykraczały poza formułę tradycyjną Caritas pomocy i jałmużny; działania które, organizowały samych chorych i niepełnosprawnych do pracy nad sobą. To były działania skuteczniejsze – trwałe, obecne do dnia dzisiejszego. Świadczą o tym opinie ludzi, którzy doświadczali pomocy Biskupa. Jego dzieło okazało się żywe, to nie jest coś monumentalnego, zakrzepłego i wyniesionego na piedestał. To dzieło rozgrywa się, ono się wcale nie skończyło. To nie jest coś zamkniętego, to trwa. I właśnie po tym można ocenić ten ludzki wymiar jego działań”.