Pierwotna budowla miała tu istnieć w 1194 r., zaś obecna zbudowana w stylu gotyckim powstawała od połowy XV wieku, a prace przy jej wykończeniu trwały jeszcze z przerwami do połowy XVI stulecia. Inicjatorem budowy obecnej świątyni był pierwszy arcybiskup metropolita praski Arnošt z Pardubic, który ustanowił tę świątynię wotum za uzyskanie przez Czechy metropolii kościelnej i usamodzielnienie się od obcych struktur kościelnych.
Kościół, stanowiący najwspanialszy zabytek sakralny Kłodzka, znajduje się w samym centrum miasta, na Starówce, na środku placu Kościelnego. Pierwotna świątynia wzmiankowana była w 1183 r. W 1194 r. Joannici otrzymali od księcia czeskiego i biskupa praskiego Henryka Przemyślidy funkcje parafialne dla ludności zamieszkałej na podgrodziu wraz z kaplicą pw. Najświętszej Maryi Panny. Mieli oni następnie rozpocząć budowę kościoła, o którym wiemy, że w 1319 r. posiadał aż dziewięć ołtarzy, przez co był budowlą o dosyć pokaźnych rozmiarach, wybudowaną z drewna.
Kamień węgielny pod budowę obecnego kościoła mieli położyć Joannici w 1344 r. z inicjatywy abp. Arnošta z Pardubic. Arcybiskup, umierając, zapisał w swoim testamencie z 1364 r. na cele dalszej budowy poważne sumy. Prace planowano rozpocząć w 2. poł. XIV wieku, jednak zamiary te zaczęto realizować dopiero na początku XV wieku. Zbudowano wtedy prezbiterium, kaplicę św. Zygmunta i mury kaplicy św. Anny (obecna kaplica Zmarłych).
Wojny husyckie zahamowały dalszą budowę kościoła na kilkanaście lat. Wznowiono ją dopiero po 1458 r. Do 1468 r. gotowa była główna nawa oraz wieża południowa, zwana Białą, na której murach znajduje się znak krzyża maltańskiego i data 1465. Budowę wieży północnej, zwanej Czarną, rozpoczęto w 1487 r. W 1482 r. zakończoną budowę Ogrójca przy portalu północnym, a w 1490 r. naw bocznych. Kaplica św. Jakuba powstawała w latach 1500-01. Pół wieku później pokryto nawę główną sklepieniem murowanym. Do tego czasu istniał drewniany strop.
W okresie reformacji mimo zamieszek i waśni budowę kontynuowano. W latach 1562-91 kościół znajdował się w rękach protestantów, chociaż Joannici zachowali dla katolickich nabożeństw nawę południową oraz kaplicę św. Jakuba. Świątynia uległa uszkodzeniu podczas wojny trzydziestoletniej. Odbudowę i jednocześnie modernizację obiektu w stylu barokowym prowadzili Jezuici, którzy przejęli kościół w 1624 r. Wykonano wtedy m.in. nową posadzkę, nadbudowano empory, podwyższono nawy boczne, gotyckie sklepienia ozdobiono sztukaterią, a w miejsce kaplicy św. Anny powstała kaplica Zmarłych. W 1723 r. kościół wzbogacił się o nowe organy. W tym czasie powstały też konfesjonały. W latach 1727-29 wzniesiono obecny ołtarz główny.
W 1776 r. opiekę nad świątynią po skasowaniu Zakonu Jezuitów przejął Królewsko-Pruski Zarząd Szkół, a kościół zaczął częściowo podupadać. Restytucja zakonu miała miejsce w 1814 r. Do kościoła kłodzkiego wrócili Jezuici, którzy pozostali tu do dziś. W późniejszych okresach zabytek był kilkakrotnie odnawiany, m.in. w latach 1836-41, 1929-31 i 1932-37.
Wnętrze kościoła posiada wystrój barokowy, choć nie brak w nim również cech pochodzących z innych okresów. Wielce zasłużył się w tym względzie Michał Klahr, rzeźbiarz, który swą karierę rozpoczynał właśnie przy wystroju tego kościoła. Szczególną uwagę przykuwa m.in. pochodzący z lat 1727-29 ołtarz główny, wykonany przez Krzysztofa Tauscha, następnie ufundowana w 1717 r. ambona, autorstwa Michała Klahra, pochodząca z XIV wieku „Kłodzka Madonna z Czyżykiem” oraz pomnik abp. Arnošta.
Dziś parafia obejmuje swoim zasięgiem ponad 8,5 tys. wiernych. Działają tu prężnie: Apostolstwo Modlitwy, Żywy Różaniec, Stowarzyszenie od Cudownego Medalika oraz Honorowa Straż Eucharystyczna i Służba Liturgiczna. Wierni skupieni są również w Odnowie w Duchu Świętym, Ruchu Światło-Życie (Kręgi Rodzin), a młodsi parafianie w Duszpasterstwie Młodzieży „Magis”, młodzieżowym zespole muzycznym, scholii dziecięcej, a także dziecięcej grupie „Dzieci Boże”.
Parafia obejmuje swoim zasięgiem również kościół klasztorny św. Jerzego i św. Wojciecha (Sióstr Klarysek od Wieczystej Adoracji) i dwa kościoły filialne: św. Antoniego w Gołogłowach oraz św. Ignacego Loyoli w Ustroniu.

Parafia pw. Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny

Adres: pl. Kościelny 9, 57-300 Kłodzko, tel. 74 865-80-20, fax 74 867-72-73
Proboszcz: o. Henryk Całka SJ
Wikariusz: o. Stanisław Data SJ
Porządek Mszy św. (wrzesień - czerwiec): w niedziele: godz. 7, 8, 9.30, 11, 12.30, 16, 18; w dni powszednie: godz. 7, 7.30, 8, 18; w niedziele w Gołogłowach o godz. 9, 10.30, w Ustroniu o godz. 11.30 (lipiec - sierpień): w niedziele: godz. 7, 8, 9.30, 11, 12.30, 18; w dni powszednie: godz. 7, 8, 18; w niedziele w Gołogłowach o godz. 9; w Ustroniu o godz. 10.30
Odpust: 15 sierpnia
Wieczysta adoracja: 11 marca oraz przez cały rok w kościele Sióstr Klarysek