Była noc z 13 na 14 grudnia 1982 r. Ks. Jerzy przygotowywał paczki świąteczne dla sierot z domu dziecka. Kiedy dochodziła druga, nagle usłyszał dzwonek do drzwi. Zanim zdążył wstać, rozległ się huk. Wyleciały szyby z okna, a do pokoju wpadła cegła z materiałem wybuchowym. Nie miał wątpliwości, że ktoś usiłował go zastraszyć.
Ks. Popiełuszko był śledzony, atakowany, podsłuchiwany. Zaczynał przeczuwać zagrożenie. A przyjaciele księdza coraz częściej słyszeli z jego ust: „Wiecie, kochani, ja długo nie pożyję”. W wywiadzie dla BBC zaś ks. Jerzy mówił: „Jezus Chrystus za głoszenie Bożej prawdy oddał życie. Podobnie apostołowie. A przecież rola księdza jest taka, by głosić prawdę i za prawdę cierpieć, jeżeli trzeba, nawet za prawdę oddać życie”.

Przesłuchanie

1 grudnia 1983 r., na plebanię kościoła św. Stanisława Kostki na Żoliborzu przyszło dwóch funkcjonariuszy SB. - Szukamy ks. Popiełuszki, by wręczyć mu wezwanie na przesłuchanie - oznajmił jeden z esbeków proboszczowi. - Ks. Popiełuszko jest w mojej parafii rezydentem, a nie wikariuszem, podlega więc bezpośrednio kurii i nie mogę przyjmować niczego w jego imieniu - wytłumaczył zdecydowanym tonem ks. Bogucki. I wezwania nie przyjął.
Esbecy nazajutrz przybyli ponownie. Ks. Jerzy widząc ich, szybko odszedł od ołtarza i skierował się do zakrystii. Błyskawicznie przemknął do swego pokoju. I wtedy zaczęło się nękające dzwonienie do drzwi. Kilkunastu mężczyzn kręciło się wokół kościoła. Tym razem mieli „nakaz prokuratora z natychmiastowym odprowadzeniem” (jak pisał później ks. Jerzy w Zapiskach). Wezwanie esbecy znów chcieli wręczyć proboszczowi, który tym razem odesłał ich do kurii. Tam zaś przyjął ich bp Władysław Miziołek. - Panowie, to wezwanie jest na godzinę dziewiątą, teraz natomiast dochodzi południe, jest już zatem nieaktualne - wytłumaczył z uśmiechem biskup.
Oni jednak nie dawali za wygraną. Szef Urzędu do spraw Wyznań Adam Łopatka zwrócił się do abp. Dąbrowskiego. Obiecał, że gdy tylko arcybiskup wyrazi zgodę na przesłuchanie Popiełuszki, po dwóch godzinach zeznań ksiądz zostanie zwolniony. Stąd wezwanie na komendę MO trafiło teraz do rąk arcybiskupa. Ks. Jerzy nie miał już wyjścia. Musiał się stawić na przesłuchanie.
- Arcybiskup zapomniał, że z diabłem paktować nie wolno - zanotował później w „Zapiskach” ks. Jerzy.

Areszt

12 grudnia stawił się w Pałacu Mostowskich, w którym mieściła się Stołeczna Komenda Milicji Obywatelskiej, słynąca ze szczególnej brutalności wobec działaczy opozycji. Wiceprokurator Anna Jackowska odczytała mu decyzję o wszczęciu śledztwa. Zarzucano mu, że „w okresie od 1982 do listopada 1983 r. w wygłaszanych kazaniach nadużywał wolności sumienia i wyznania w ten sposób, że permanentnie oprócz treści religijnych zawierał w nich zniesławiające władze państwowe treści polityczne, a nadużywając funkcji kapłana czynił z Kościołów miejsce szkodliwej dla interesów PRL”.
Ks. Popiełuszce groziła kara 10 lat pozbawienia wolności.
Po przesłuchaniu prokuratura zarządziła rewizję w mieszkaniu księdza. - Na rewizję jechałem spokojny, bo nie miałem tam nawet ulotki sprzed stanu wojennego - wspominał później.
Rewizja jednak okazała się teatralnym spektaklem, który wyreżyserowała Służba Bezpieczeństwa. Esbek bez wahania otworzył wersalkę i wyciągnął z niej amunicję. Potem pudło z bibułą i materiałami wybuchowymi. Ks. Jerzy ze zdziwieniem obserwował przebieg wydarzeń. Nie miał wątpliwości: całe to przedstawienie było rzetelnie przygotowane, a materiały musieli podrzucić wcześniej sami esbecy. Gdy jednak w kuchni funkcjonariusze znaleźli granaty łzawiące i paczki z nielegalnymi wydawnictwami, a do tego 36 naboi do pistoletu maszynowego, trotyl, dynamit z zapalnikiem i przewodem elektrycznym do detonacji, 60 matryc zagranicznych, 5 tub farby drukarskiej, a z porcelanowej figurki wyjęli kartkę papieru z francuskim tekstem, ks. Jerzy zaczął się głośno śmiać i powiedział:

- Panowie, przesadziliście!

Ks. Popiełuszkę jednak aresztowano i przewieziono do Pałacu Mostowskich.
Kazano mu rozebrać się do naga i zamknięto go w celi, jak przestępcę. Tymczasem 27 grudnia 1983 r., w „Expressie Wieczornym” ukazał się artykuł „Garsoniera obywatela Popiełuszki”. Ukazywał on księdza jako kapłana, który prowadzi podwójne życie, który oszukuje ludzi i władze kościelne: „Po długiej zabawie w kotka i myszkę z początkiem grudnia ks. Popiełuszkę udało się przesłuchać. (...) W jego mieszkaniu znaleziono tysiące ulotek, m.in. wzywających do demonstracji ulicznych, różne materiały propagandowe, matryce, farby potrzebne do sporządzania konspiracyjnej literatury, a także inne jeszcze, mniej religijne akcesoria”.