Znajdując się w prezbiterium, nie sposób nie zauważyć ogromnej zmiany, jaka zaszła tu po renowacji stalli.

Stalle

W wyniku żmudnych prac konserwatorskich udało się odsłonić i wydobyć XVIII-wieczny, oryginalny wystrój, współgrający z barokową kolorystyką ołtarza głównego i kolorystyką innych barokowych elementów wyposażenia. Stalle pochodzą z XVIII wieku. W oparciach znajdują się medaliony z portretami malowanymi na płótnie. Przedstawiają one ośmiu świętych cysterskich. Po stronie prawej (patrząc od wejścia) zobaczymy: św. Bernarda, papieża Eugeniusza III, bł. Konrada, bł. Wincentego Kadłubka. Od strony lewej: św. Benedykta, papieża Urbana IV, bł. Gwidona oraz św. Adolfa. Stalle wykonane zostały z drewna lipowego w warsztatach rzeźbiarskich w Lubiążu, do niedawna pokryte białą farbą, dziś odzyskały swój pierwotny wygląd.
Również w nawie głównej znajdują się stalle - tzw. stalle małe, które wykonane zostały w 1789 r. Odsłonięto oryginalny kolor ławek, wykonano pełen zakres prac stolarskich, zainpregnowano drewno, a także zrekonstruowano brakujące aplikacje wstęgowe usunięte na przedpiersiach. Po renowacji utrzymane są w takiej samej, jasnozielonej barwie, jak dolna część empory organowej.

Ławki

Za czasów cysterskich w nawie głównej nie było ławek. Ławki, które przez wiele lat służyły w paradyskim kościele, pochodziły z innego kościoła i zostały wstawione tu w II poł. XX wieku. Zdaniem znawców nie przedstawiały wartości historycznej i artystycznej i nie były dostosowane do szerokości nawy. Przekazane zostały do innego kościoła. W Paradyżu zaś znalazły się nowe ławki, które zostały tak zaprojektowane, by po ich ustawieniu odkryć poprzednio zakryte stalle oraz umożliwić komunikację bocznych części nawy głównej. Są to ławki krótsze, wykonaniem nawiązujące do XVIII-wiecznej stolarki. Kolorystyką nawiązujące również do innych elementów wyposażenia świątyni.

Ambona

Bogato złocona ambona pochodzi z XVIII wieku. Podobnie jak stalle i konfesjonały wykonana jest z drewna lipowego. Przy balustradzie umieszczony jest medalion z portretem św. Bernarda z Clairvaux. Wieńczący ambonę baldachim ozdobiony jest personifikacjami trzech cnót Boskich: wiary, nadziei i miłości, a także tablicami przykazań i złotym krzyżem. Ambona podtrzymywana jest przez postać anioła trzymającego zwoje Biblii. Ambona, podobnie jak ołtarz główny i kilka bocznych, nie została objęta ostatnimi pracami konserwatorskimi.

Obrazy

Na filarach oddzielających nawę główną od bocznych znajdują się ciekawe obrazy, które w trakcie prac konserwatorskich poddano zabiegom renowacyjnym.
Na południowej ścianie nawy głównej, po prawej stronie - patrząc od wejścia do kościoła - znajdują się obraz przedstawiający św. Pawła Apostoła, namalowany na blasze miedzianej przez kanonika kościoła pw. św. Wojciecha w Poznaniu Krzysztofa Boguszewskiego w 1628 r., następnie obraz pochodzący z XVII wieku zatytułowany „Pokłon Trzech Króli” - nieznanego autora, również namalowany na blasze miedzianej, kolejny to „Wizja św. Jadwigi” - obraz olejny z XVII wieku namalowany na płótnie przez nieznanego artystę i ostatni obraz, również olejny, przedstawiający św. Cecylię, namalowany na płótnie w XVIII wieku przez nieznanego malarza.
Na przeciwnej, północnej ścianie nawy głównej umieszczone są obrazy przedstawiające „Boże Narodzenie” - olejny obraz namalowany na płótnie przez nieznanego artystę pod koniec XVII wieku, przez znawców jest on uważany za jeden z najcenniejszych obrazów paradyskich, następnie - św. Jan Kanty - obraz olejny namalowany na płótnie, pochodzi z połowy XVIII wieku, a jego autor również pozostaje nieznany, ostatni to św. Antoni z Padwy - olejny obraz namalowany na płótnie w drugiej połowie XVII wieku przez nieznanego artystę. Podczas prac konserwatorskich z obrazów usunięte zostały zabrudzenia i przemalowania, wykonano techniczną konserwację podobrazi płóciennych oraz poddano je zabiegom restauratorskim. Konserwacji poddano również ramy, przywracając im barokową kolorystykę. Płótna te stanowiły przemyślane uzupełnienie ikonograficznej i estetycznej koncepcji wystroju kościoła.