Po śmierci królowej Heleny (1476-1513) dobra kleszczelowskie w 1513 r. zostały zastawione możnowładcom litewskim - Radziwiłłom. W 1523 r. zostały one wykupione przez Olbrachta Marcinowicza Gasztołda h. Awdaniec (zm. 1539), starostę bielskiego (1513-1536) i wojewodę wileńskiego (1522-1539). Wspomniany wojewoda z polecenia króla Zygmunta I Starego (1506-1548) lokował w 1523 r. „na surowym korzeniu” miasto Kleszczele. 22 marca 1523 r. król zatwierdził lokację Gasztołda i nadał miastu prawo chełmińskie. Z woli tegoż wojewody przybył do Kleszczel ok. 1530 r. ks. Szczęsny (Feliks) Sasin z Tykocina, który przypuszczalnie miał do dyspozycji tymczasową kaplicę (proboszcz w latach 1530-1548). 25 maja 1531 r. - na podstawie decyzji króla Zygmunta I Starego - pleban kleszczelowski otrzymał młyn przekazany mu przez Leszka Słomicza, horodniczego bielskiego.
Pierwszy drewniany rzymskokatolicki kościół pw. Przemienienia Pańskiego, Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny i św. Zygmunta Męczennika w Kleszczelach został wzniesiony z fundacji Zygmunta I Starego i jego żony królowej Bony Sforza d’Aragona (1494-1557) ok. 1533 r. Dokument o uposażeniu parafii w ziemie i dziesięciny został podpisany przez wspomnianego króla 20 marca 1535 r. Nadania męża poszerzyła 24 września 1544 r. królowa Bona oraz dwukrotnie ich syn król Zygmunt II August (1548-1572) - 12 stycznia 1557 r. i 25 maja 1562 r. W czasie najazdu moskiewskiego pod koniec 1659 r. kościół został spalony razem z plebanią. Przez wiele lat parafianie modlili się w prowizorycznej kaplicy.
Na tym samym miejscu w 1723 r. został wzniesiony kolejny drewniany kościół staraniem ks. Jana Chrościewicza (zm. 1757), miejscowego proboszcza (1720-1740). Stanął on w centrum miasta naprzeciw unickiej świątyni pw. św. Mikołaja. Uroczystej konsekracji w 1726 r. dokonał ks. Stefan Rupniewski (1671-1731), biskup łucki (1721-1731).
W ramach popowstaniowych represji 5 września 1865 r. została zamknięta prywatna kaplica w majątku Kruhłe, z rozkazu (Nr 13997/1865) Konstantego von Kaufmana, gubernatora grodzieńskiego i wileńskiego (1865-1866). Kolejnym ukazem (Nr 38/1866) tegoż gubernatora 30 czerwca 1866 r. kościół kleszczelowski został zamknięty, a całe beneficjum, 5 dzwonów i 3 obrazy, przejęte przez prawosławnych. Na dawnym miejscu kościoła katolickiego w 1872 r. rozpoczęto budowę cerkwi prawosławnej pw. Zaśnięcia Najświętszej Maryi Panny, używając do tego materiałów z rozebranej świątyni katolickiej. Przez 44 lata wierni byli pozbawieni świątyni i byli zmuszeni uczęszczać na nabożeństwa do: Bielska Podl., Bociek i Wysokiego Litewskiego. Taki stan rzeczy trwał aż do wyjścia carskiego ukazu tolerancyjnego 30 kwietnia 1905 r.
Dekretem ks. Edwarda Libera barona von Roppa (1851-1939), biskupa wileńskiego (1904-1907) w 1906 r. wznowiła działalność parafia w Kleszczelach. Pierwszym proboszczem (1906-1910) został mianowany ks. Kazimierz Kowalewski (1879-1927). Na nowo zakupionym placu wierni zbudowali w latach 1907-1910 nową świątynię pw. św. Zygmunta Burgundzkiego, Męczennika. Budową kierował Joachim Łukaszewicz z Bociek. Poświęcenia kamienia węgielnego 3 maja 1908 r. dokonał ks. Antoni Panasiewicz (1870-1916), dziekan bielski (1907-1916), a 27 lipca 1910 r. tenże kapłan poświęcił nowy, neoklasycystyczny kościół.
W czasie wojny sowiecko-niemieckiej w czerwcu 1941 r. świątynia została poważnie uszkodzona przez artyleryjskie pociski. Jej restauracji dokonał w 1946 r. ks. Aleksander Swerpel (1891-1962), proboszcz kleszczelowski (1930-1948). W 1950 r. Kleszczele utraciły prawa miejskie. Zostały one przywrócone w 1993 r.
Do II wojny światowej na terenie parafii we wsi Starzyna istniała drewniana kaplica pw. Matki Bożej Łaskawej, wzniesiona w 1934 r. kosztem Nadleśnictwa Państwowego. Jej poświęcenia 13 listopada 1934 r. dokonał bł. ks. Antoni Beszta-Borowski (1880-1943), proboszcz i dziekan bielski (1927-1943).
Po prawej stronie kościoła znajduje się drewniana dzwonnica, zbudowana w 1923 r. staraniem ks. Teodozjusz Żylińskiego (1873-1928), ówczesnego proboszcza kleszczelowskiego (1922-1928).
W centrum miasta, w odległości ok. 500 m od obecnego kościoła, na dawnym placu parafialnym znajduje się drewniana plebania, która została zbudowana przez prawosławnych ok. 1900 r. Pod koniec 1922 r. zamieszkał tutaj wspomniany ks. Teodozjusz Żyliński.

Bibliografia:
E. Borowski, Zarys dziejów Rzymskokatolickiej Parafii w Kleszczelach (1533-1993), Drohiczyn n. B. 1993 (mps);
B. Drągowska, Dzieje rzymskokatolickiej parafii w Kleszczelach od wznowienia jej działalności po roku 1905 do czasów obecnych, Drohiczyn 1994 (mps);
M. Klimowicz (oprac.), Kleszczele, Kleszczele 1993; M. Roszczenko, Kleszczele, Bielsk Podlaski - Kleszczele 2002.

Porządek Mszy św.:
- niedziele i święta:
- kościół parafialny: 9.00, 11.00
- święta niebędące dniami wolnymi od pracy:
- kościół parafialny: 11.00, 17.00
Odpust parafialny: św. Zygmunta - 2 maja; Matki Bożej Szkaplerznej - 16 lipca
Nabożeństwo adoracyjne: po święcie Matki Bożej Różańcowej
Księgi metrykalne:
Księgi Chrztów: od 1919 r.
Księgi Małżeństw: od 1919 r.
Księgi Zmarłych: od 1919 r.