Urodził się 14 września 1947 r. we wsi Okopy k. Suchowoli (Ziemia Białostocka). Matka - Marianna, wybrała dla niego imię Alfons - od patrona, który był założycielem Zakonu Redemptorystów; było to także imię ojca chrzestnego dziecka. Imienia Jerzy zaczął używać w seminarium duchownym, z racji cnoty męstwa związanej z tym patronem.
Studia w seminarium rozpoczął w 1965 r. w Warszawie. Dojrzewał duchowo w trakcie zajadłych ataków propagandy na Kościół, z racji wystosowanego przez biskupów polskich listu do Episkopatu Niemiec ze słynnym: „Przebaczamy i prosimy o przebaczenie” w trakcie obchodów tysiąclecia państwa polskiego. W czasie studiów, powołany do wojska, służbę odbywał przez 2 lata w jednostce w Bartoszycach. Przyszli duchowni traktowani tam byli w „specjalny” sposób i zaostrzony wojskowy dryl, ciągłe próby doprowadzenia do rezygnacji z kontynuacji kapłańskiego powołania. „Stałem przed nim na boso (dowódcą plutonu). Oczywiście, cały czas na baczność... Starał się mnie ośmieszyć, poniżyć przed kolegami, to znów zaskoczyć możliwością urlopów lub przepustek...” - relacjonował późniejszy kapłan jedną z wielu szykan w czasie służby. Do seminarium powrócił mimo wszystko - wzmocniony duchowo. Zakończony jesienią 1965 r. Sobór Watykański II w swych dokumentach podkreślał konieczność formowania kapłana otwartego na współczesny świat i ludzkie problemy. 12 marca 1972 r., właśnie z dewizą: „Posyła mnie Bóg, abym głosił Ewangelię i leczył rany zbolałych serc”, wyświęcony przez Prymasa kard. Stefana Wyszyńskiego - rozpoczął swą kapłańską posługę.
Po święceniach pasterzował w parafii w Ząbkach, następnie był wikarym w Warszawie, w parafii Dzieciątka Jezus i św. Anny. Początkowo nie wyróżniał się nadzwyczajnymi zdolnościami i przebojowością, ale otwartość i szczerość powodowały, że lgnęła do niego młodzież. Osobiste kłopoty ze zdrowiem sprawiły, że w parafii św. Anny zorganizował duszpasterstwo służby zdrowia. Przełożeni, biorąc pod uwagę te doświadczenia, przyczynili się do tego, że ks. Jerzemu zlecono przygotowanie opieki medycznej podczas wizyt Ojca Świętego w 1979 i 1983 r. Od maja 1980 r. był on rezydentem (z racji kłopotów zdrowotnych miał pełnić funkcje pomocnicze) w parafii św. Stanisława Kostki na warszawskim Żoliborzu.
Zalecenia lekarskie, by oszczędzał swe siły, nie skutkowały. Ks. Popiełuszko prowadził formacyjne spotkania studentów, średniego personelu medycznego, oraz comiesięczne spotkania lekarzy.
Gdy 28 sierpnia 1980 r. wybuchł strajk w Hucie „Warszawa”, już w pierwszą strajkową niedzielę odprawił tam polową Mszę św. dla robotników. Hutniczej Solidarności duszpasterzował od początku: w konfesjonale, święcąc krzyże, będąc niejako „na każde zawołanie”. „Jak mnie przyjmą? Czy będzie gdzie odprawiać?...I wtedy, przy bramie, przeżyłem pierwsze wielkie zdumienie. Gęsty szpaler ludzi uśmiechniętych i spłakanych jednocześnie. I oklaski. Myślałem, że ktoś ważny idzie za mną...” - wspominał ks. Jerzy swą pierwsza Mszę św. w Hucie „Warszawa”.
Od października 1981 r., wspólnie z proboszczem ks. Tadeuszem Boguckim, w każdą ostatnią niedzielę miesiąca, organizował w parafii św. Stanisława Kostki „Msze św. za Ojczyznę i tych, którzy dla niej cierpią najbardziej”.
Po wprowadzeniu stanu wojennego, te Msze św. stały się comiesięcznymi wielotysięcznymi demonstracjami patriotyzmu, pełnym protestu głosem sprzeciwu wobec komunistycznej władzy i ideologii. Kościół św. Stanisława Kostki na Żoliborzu był odtąd miejscem specjalnych pielgrzymek, spontanicznie organizowanych przez różne środowiska pracownicze.
Pomimo szykan, oszczerstw w ówczesnej telewizji i radiu, ks. Jerzy niestrudzenie domagał się poszanowania ludzkiej godności, głosił hasła sprawiedliwości, nadziei...
19 października 1984 r., został porwany przez funkcjonariuszy Służby Bezpieczeństwa i w bestialski sposób zamordowany... „Oskarżony Grzegorz Piotrowski, po dogonieniu ks. Jerzego Popiełuszki, zaczął go bić pięściami i pałką po głowie i w okolicach karku (związanego i nieprzytomnego księdza umieszczono w bagażniku). Piotrowski wziął z samochodu jedną z pałek i jeszcze przed wyjęciem ks. Jerzego zaczął go bić (proceder te wielokrotnie powtarzano). Kamienie do nóg... Leszek Pękala dokończył wiązać kamienie, a następnie przystąpił do zakładania ks. Jerzemu Popiełuszce pętli na szyję... Skierował samochód w stronę tamy (Zalew Wiślany we Włocławku). Przed wrzuceniem Księdza do wody żaden z oskarżonych nie usiłował nawet sprawdzić, czy wrzucają do wody żywego człowieka, czy zwłoki”.
Fragmenty z kazań ks. Jerzego Popiełuszki:

O przemocy
„Nie walcz z przemocą. Przemoc nie jest oznaką siły, lecz słabości. Komu nie udało się zwyciężyć sercem lub rozumem, usiłuje zwyciężyć przemocą. Każdy przejaw przemocy dowodzi moralnej nieudolności. Najwspanialsze i najtrudniejsze walki, jakie zna ludzkość, jakie zna historia, to walki ludzkiej myśli. Najnędzniejsze i najkrótsze - to walki przemocy...”
(26 grudnia1982 r., Msza św. za Ojczyznę).

O sprawiedliwości
„Człowiek sprawiedliwy to ten, który kieruje się prawdą i miłością; bo im więcej w człowieku jest prawdy i miłości, tym więcej i sprawiedliwości. Sprawiedliwość musi iść w parze z miłością, bo bez miłości nie można być w pełni sprawiedliwym. Gdzie jest brak miłości, dobra, tam na jej miejsce wchodzi nienawiść i przemoc. (...)
Na ile każdy z nas jest twórcą sprawiedliwości, zaczynając od siebie samego, swojej rodziny, swojego środowiska. Bo często nasza bierność moralna inspiruje niesprawiedliwość
(24 czerwca 1984 r., Msza św. za Ojczyznę).

O godności
„Obyś był albo zimny, albo gorący. Nie zachowasz w pełni godności, gdy w jednej ręce będziesz nosił różaniec, a w drugiej książeczkę przeciwnej ideologii. Nie można jednocześnie służyć Bogu i mamonie(...). Nie wolno nam zapomnieć prawdy, że dla zachowania wolności nigdy nie wolno poświęcić wiary i godności dziecka Bożego”
(29 stycznia1884 r., Msza św. za Ojczyznę).

O wolności
„Dążenia do wolności nie pokona się przemocą, gdyż przemoc jest siłą tego, kto nie posiada prawdy. Człowieka można przemocą ugiąć, ale nie można go zniewolić.
Polak miłujący Boga i Ojczyznę powstanie z każdego poniżenia, bo zwykł klękać tylko przed Bogiem”.
(30 stycznia 1983 r., Msza św. za Ojczyznę).

O krzyżu
„Nasze cierpienia, nasze krzyże możemy ciągle łączyć z Chrystusem, bo proces nad Chrystusem trwa(...)aktorzy dramatu i procesu Chrystusa żyją nadal. Zmieniły się tylko ich nazwiska i twarze, zmieniły się daty i miejsca urodzin. Zmieniają się metody, ale sam proces nad Chrystusem trwa. Uczestniczą w nim ci wszyscy, którzy zadają ból i cierpienia swoim braciom, ci którzy walczą z tym, za co Chrystus umierał na krzyżu.
(26 września 1982 r., Msza św. za Ojczyznę).

Proces beatyfikacyjny sługi Bożego ks. Jerzego Popiełuszki jest już rozpoczęty.

Muzeum Tradycji Niepodległościowych w Łodzi

Żeby nie był odchodził od domu
żeby nie miała tej łaski być matką kapłana
siedzieć ważnie na prymicjach
teraz nie szumiałoby radio - Popiełuszko, Popiełuszko
jakby kto siał popiół po całym świecie
a taki był
a taki jest prawdomówny
że tego nie wypowie bezradność matczyna
utopili mi go pięknego świętego w szlamie rzeki
Wolałaby nie być tą Polką struchlałą
jak Maryja pod krzyżem
(...)
piszą do mnie biskupi doktorzy
nie dla mnie te cierpiętliwe honory
ja jestem prosty ból do samego nieba.
(Fragment wiersza Anny Kamieńskiej, napisanego 31 października 1984 r.)