Bractwa powoływano do życia na terenie diecezji chełmińskiej, ustanowionej dla ziem: chełmińskiej i lubawskiej w 1243 r., na pewno już w XIV w. Prawdopodobnie jednym z pierwszych bractw utworzonych na terenie tej diecezji było Bractwo Bożego Ciała, założone w 1394 r. przy kościele Świętych Janów w Toruniu (I. Czarciński, Bractwa w wielkich miastach państwa krzyżackiego w średniowieczu, Toruń 1993, s. 48-49).
Genezy bractwa należy upatrywać na dwóch płaszczyznach. Po pierwsze od XI w. w Kościele zauważalny był rozwój kultu Eucharystii. Szczególne rozmiary przybrał on na przełomie XII/XIII w. Jednym z przejawów tego kultu było upowszechnianie się procesji z Najświętszym Sakramentem. W 1264 r. papież Urban IV przygotował bullę wprowadzającą specjalne święto ku czci Eucharystii. Nagła śmierć nie pozwoliła mu jednak na ogłoszenie tego dokumentu. Bullę ogłosił papież Jan XXII w 1317 r. w tzw. Dekretałach klementyńskich. W Polsce jako pierwszy święto Bożego Ciała wprowadził w diecezji krakowskiej biskup Nankier w 1320 r. Drugim powodem, dla którego utworzono Bractwo Bożego Ciała w Toruniu, była znaczna liczba księży przebywających w mieście. Liczne fundacje mieszczan toruńskich dawały utrzymanie wielu kapłanom. Nie wiemy dokładnie, ilu ich było przy kościele Świętych Janów pod koniec XIV w., jednakże liczba ta mogła przekraczać dwudziestu. Oni to właśnie powołali w 1394 r. do istnienia bractwo, które zatwierdził biskup chełmiński Mikołaj Schiffenburg. Początkowo bractwo gromadziło tylko kapłanów, ale nie tylko z terenów diecezji. Na początku XVI w. należał do niego m.in. kanonik warmiński Bartłomiej Klement. Z biegiem czasu do bractwa zaczęto przyjmować także osoby świeckie.
Głównym celem bractwa było z jednej strony umocnienie samych kapłanów w ich posłudze, z drugiej natomiast udzielanie pomocy podróżnym oraz grzebanie ubogich zmarłych. Ponieważ nie zachował się statut bractwa, trudno jest mówić o jego strukturze organizacyjnej oraz formach aktywności. Podstawowym nabożeństwem była prawdopodobnie cotygodniowa Msza św. w czwartek, połączona z wystawieniem Najświętszego Sakramentu. Papież Aleksander VI (1492-1503) nadał toruńskiej korporacji przywilej odbywania procesji eucharystycznych. Bractwo gromadziło się przez długi okres czasu przy najstarszej kaplicy obecnej katedry, tzn. przy kaplicy Bożego Ciała. Od XVI w. jego członkowie zbierali się przy ołtarzu św. Anny, następnie w kaplicy św. Barbary, aby ponownie wrócić do kaplicy Bożego Ciała.
Działalność Bractwa Bożego Ciała musiała cieszyć się znaczną popularnością oraz poparciem władz kościelnych i mieszkańców miasta, gdyż udało mu się przetrwać trudny okres reformacji. Warto przypomnieć, że w latach 1558-96 w kościele Świętych Janów odprawiali swoje nabożeństwa zarówno katolicy, jak i protestanci. Dla katolików, którzy stanowili w tym czasie mniejszość wyznaniową w Toruniu, bractwo było zapewne swoistym symbolem ich obecności w mieście. W 1855 r. został zatwierdzony nowy statut bractwa. W okresie międzywojennym, dokładnie w 1928 r. bractwo liczyło 71 członków. Każdy z nich otrzymywał odpust zupełny: w dzień przyjęcia do bractwa, w godzinę śmierci oraz w dniu uroczystości Bożego Ciała.