W wielu opracowaniach dotyczących twórczości Prusa, zwłaszcza z okresu PRL-u, można spotkać się z twierdzeniami o jego rzekomej obojętności religijnej, a nawet wrogości do religii, Kościoła i duchowieństwa. Autorzy tych opinii wskazują też na powierzchowne traktowanie przez autora Emancypantek zagadnień religijnych, zwłaszcza w początkowym okresie jego twórczości. Przyczynę tego stanu rzeczy Prus wyjaśniał po rewolucji 1905 r., kiedy to stępiały ostrza carskiej cenzury. W 1908 r. pisał: „Pytano mnie, dlaczego w ostatnich czasach tak bardzo zająłem się kwestiami religijnymi? [...] Dlatego, że przez cały okres mojej działalności pisarskiej nie wolno było obiektywnie mówić o rzeczach dotyczących religii; sprawy te zaś w życiu jednostek i narodów są bardzo ważne”. Już na podstawie tej wypowiedzi, ewentualni zwolennicy laickości omawianego pisarza powinni wyciągnąć właściwe wnioski.
Nie znaczy to bynajmniej, by autor Lalki nie przeżywał rozterek światopoglądowych. Wręcz przeciwnie. Było ich w jego życiu bardzo wiele. Wychowany w dzieciństwie w atmosferze religijnej przez babcię i ciocię, w młodości, na skutek tragicznych doświadczeń związanych z udziałem w powstaniu styczniowym, przeżywał poważny kryzys wiary, do czego przyczyniło się też niewątpliwie zetknięcie z filozofią pozytywistyczną. Ten kryzys musiał być poważny, skoro rodzina narzeczonej, Oktawii Trembińskiej, była przeciwna małżeństwu z nim, uważając go za ateistę. Stąd w listach pisanych do narzeczonej Prus zdecydowanie wypierał się ateizmu.
Jednak proces dochodzenia Prusa do głębszej religijności byt bardzo długi. Pod koniec lat 70. XIX w., ulegając poglądom Spencera, stał się deistą, czyli zwolennikiem poglądu, iż Bóg wprawdzie stworzył świat, ale się nim nie opiekuje. Jego wiara w duchu chrześcijańskim zaczęła się rozwijać pod wpływem kontaktu z naturą i jej obserwacji. Zmianie poglądów na rolę religii dał wyraz w Lalce w osobie Wokulskiego. Prusa przeraziły też niebezpieczne tendencje w umysłowości tamtych czasów, takie jak: filozofia pesymistyczna Eduarda Hartmanna i idea nadczłowieka Fryderyka Nietzschego, które doprowadziły do hitlerowskiego nazizmu i rasizmu oraz modernizm, który dążył do pozbawienia jednostki więzi ze społeczeństwem. Na te zagrożenia jako jedyne skuteczne remedium widział religię, która ukazuje człowiekowi jako cel życie wieczne oraz ustawia mu właściwą hierarchię wartości.
Niewątpliwy wpływ na dowartościowanie religii w wychowaniu człowieka i narodu na przełomie XIX i XX w. wywarło także zainteresowanie się przez niego mistyką zachodnią, która była reakcją na filozofię materialistyczną. W religii widział ważny czynnik wspierający i umacniający człowieka i naród w realizacji najwyższych ideałów: doskonałości, szczęścia i użyteczności. Za szczególnie ważną uznał rolę religii w kształtowaniu oblicza moralnego narodu polskiego, pozbawionego suwerenności, potęgi ekonomicznej i militarnej: „Jest więc religia olbrzymim, niewyczerpanym źródłem sił moralnych - pisał - niezbędnie potrzebnych każdemu człowiekowi, każdemu społeczeństwu, a szczególniej takiemu jak nasze, dla którego wiara w słuszność sprawy, panowania nad sobą, poświęcenie i wszelkiego rodzaju cnoty są warunkami bytu. Sił materialnych nie posiadamy, jeżeli więc nie zdobędziemy się na duchowe (bez porównania mocniejsze!), możemy nie tylko zginąć bez sławy, ale po prostu - zmarnieć”.
Prus wskazywał też na rolę religii chrześcijańskiej w kształtowaniu oblicza duchowego Europy. Wczepiła ona w kulturę europejską takie wartości, jak sprawiedliwość, godność i miłość. Przez wieki wychowywała ludzi według przykazań Bożych, wskazań ewangelicznych, cnót teologicznych. Ukazywał, jak wiele Europa zawdzięcza Kościołowi, ponieważ „religia jest duszą europejskiej cywilizacji”. W podobnym duchu wcześniej pisał w Chowannie również Bronisław F. Trentowski: „Wychowuj twe dzieci w głębokiej czci Boga! [...] Religia wychowała ród ludzki, wychowała cały świat chrześcijański, wszystkie europejskie narody. Jej dziękować trzeba za naszą dzisiejszą oświatę i nasze szczęście; ona jest najlepszą naszą ochmistrzynią; porucz więc jej twego syna i twą córkę!”. Pozbawienie jednostek i narodów religii odbiera im sens życia i nadzieję.
Za rzecz niezwykłej wagi uznał wskazywanie przez religię klarownych i sprawdzonych norm moralnych, których przestrzeganie jest warunkiem szczęścia zarówno poszczególnych ludzi, jak i całych narodów. Wśród nich za najważniejszą uważał przykazanie miłości bliźniego, a zwłaszcza miłości nieprzyjaciół. Słowa Chrystusa: „miłujcie waszych nieprzyjaciół i módlcie się za tych, którzy was prześladują” - uznał Prus za „przepisy olśniewającej jasności! [...] Z chwilą bowiem »umiłowania nieprzyjaciół«, nie ma nienawiści ani prześladowań”.
Już na podstawie tych krótkich refleksji widzimy, że Prus do głębokiej religijności doszedł na drodze przemyśleń i nieustannego pogłębiania swojej wiary. Szczególną rolę w tym procesie odegrała lektura Pisma Świętego, które bardzo często cytował zarówno w utworach beletrystycznych, jak i publicystycznych oraz książek religijnych, wśród których wyjątkowe miejsce zajmowało często cytowane w Emancypantkach znakomite dzieło Tomasza à Kempisa O naśladowaniu Chrystusa, a także J. S. Blackie O wychowaniu samego siebie. W tym skomplikowanym procesie dochodzenia do wiary Prus może być przewodnikiem dla wielu współczesnych ludzi, zwłaszcza młodych.