Urodził się w wielodzietnej rodzinie dyrektora fabryki broni w Turynie. Gdy miał osiem lat, zmarł mu ojciec. Powstałą pustkę chłopak wypełnił modlitwą oraz nauką. Na jego szczęście tuż przy fabryce rozpoczął swoją działalność św. Jan Bosko, więc Michał w każdą niedzielę przychodził do Oratorium i wsłuchiwał się w katechezy założyciela salezjanów. Po kilku latach zamieszkał w Oratorium i pełnił rolę asystenta ks. Bosko – wkrótce też złożył na jego ręce śluby zakonne, a w 1860 r. przyjął święcenia kapłańskie.

Doceniając przymioty intelektualne i duchowe Michała, św. Jan Bosko mianował go kierownikiem naukowym wszystkich szkół salezjańskich. Później ks. Rua został dyrektorem administracyjnym całej rodziny salezjańskiej i czuwał nad powstawaniem nowych domów zgromadzenia. Po śmierci św. Jana Bosko Michał Rua został przełożonym salezjanów. Pełnił tę funkcję przez 22 lata, aż do śmierci. W tym czasie bez reszty poświęcił się służbie ubogiej i opuszczonej młodzieży, do tego stopnia, że zaczęto go nazywać „królem dobroci”.