W grodzie Kopernika zaplanowano spotkanie Ojca Świętego ze światem nauki na Uniwersytecie Mikołaja Kopernika oraz akt beatyfikacji ks. Stefana Wincentego Frelichowskiego wraz z nabożeństwem czerwcowym na toruńskim lotnisku. Biskup pomocniczy diecezji toruńskiej, śp. bp Jan Chrapek, który był wówczas koordynatorem prac związanych z przygotowaniem wizyty papieskiej w kraju, nazwał spotkanie na toruńskim uniwersytecie "katedrą rozumu", zaś spotkanie na lotnisku "katedrą modlitwy i wiary". W nawiązaniu do nabożeństwa czerwcowego powiedział: "Serce Jezusa objawia najgłębiej i najpełniej cechy natury Boga i Człowieka. (...) Ta wielka tajemnica, nieskończona miłość Boga do nas w Chrystusie, jest i będzie podstawą Jubileuszowego Roku ukazującego fakt Wcielenia. (...) Jest to zgodne z tym, co głosi Papież od początku swego pontyfikatu, zgodnie z głównym hasłem tej wizyty Bóg jest miłością".
Bp Andrzej Suski skierował do diecezjan przed przyjazdem Ojca Świętego znamienne słowa: "Dzień 7 czerwca zapisze się złotymi zgłoskami w dziejach naszej diecezji i naszej ziemi. Jesteśmy świadomi doniosłości wizyty apostolskiej w Toruniu, jej szczególnego znaczenia także z tego względu, że po raz pierwszy Pasterz Kościoła powszechnego nawiedzi tę ziemię i nasz młody Kościół lokalny w siódmym roku jego istnienia. Jak pierwsi chrześ-cijanie prosili św. Piotra: "Przybądź do nas bez zwłoki!" (por. Dz 9,38), tak również nasze serca oczekują Piotra tych czasów z uczuciami radości i nadziei, że umocni wiarę swoich braci oraz odnowi ducha naszej wspólnoty".
Przybycie Ojca Świętego do Torunia odbyło się według wcześniej ustalonego programu. 7 czerwca dzwon "Tuba Dei" zabrzmiał z całą swą mocą. Niegdyś witał koronowane głowy i innych dostojników, jednak po raz pierwszy jego tony oznajmiły przybycie do Torunia Pasterza Kościoła katolickiego. Papież przyleciał z Bydgoszczy i wylądował na toruńskim lotnisku o godz. 13.35, gdzie został powitany przez władze lokalne i hierarchię Kościoła. Następnie przejechał papamobilem ulicami Torunia na Stare Miasto, by w Domu Biskupim zjeść obiad i odpocząć. Miłą niespodzianką było odwiedzenie przez Papieża toruńskiej katedry Świętych Janów, w której pomodlił się i przed kaplicą chrzcielną zaintonował pieśń Salve Regina.
W Auli UMK na Jego Świątobliwość oczekiwało 1200 osób reprezentujących najważniejsze ośrodki myśli naukowej, w tym delegaci 200 szkół wyższych z całej Polski. Było to pierwsze spotkanie Papieża ze światem nauki na świeckiej uczelni polskiej. Wśród zaproszonych gości wielu było w togach: czerwonych - rektorskich i czarnych - dziekańskich. Główna myśl spotkania nawiązywała do encykliki Jana Pawła II Fides et ratio, koncentrując się wokół spraw wiary i poszukiwania sensu istnienia w aspekcie badań naukowych. W rozważaniach nie pominięto osoby wielkiego torunianina - Mikołaja Kopernika i jego listu skierowanego do papieża Pawła III w 1542 r., z okazji publikacji dzieła O obrotach sfer niebieskich. Jan Paweł II w swym wystąpieniu poruszył najistotniejsze zagadnienia związane z rozwojem nauki polskiej. Wykazał głębokie zrozumienie wszystkich jej problemów w procesie przemian, odniósł się również do ogólnoświatowych tendencji rozwoju nauki i postępu technicznego. Wskazując na współczesne zagrożenia: sceptycyzm, agnostycyzm, relatywizm i nihilizm, Ojciec Święty powiedział, że ludziom nauki i kultury powierzona została szczególna odpowiedzialność za prawdę. Podkreślił, że działalność naukowa ma sens tylko wówczas, gdy będzie ona odniesiona do miłości. W nawiązaniu do listu Mikołaja Kopernika wypowiedział takie słowa: "Chociaż dla samego Kopernika jego odkrycie stało się źródłem jeszcze większego podziwu dla Stwórcy świata i potęgi rozumu ludzkiego, to dla wielu było powodem poróżnienia rozumu z wiarą". "Szczęść Boże nauce polskiej, profesorom i studentom" - powiedział na zakończenie Papież. Opuścił toruński uniwersytet owacyjnie żegnany, przy dźwiękach Gaude Mater Polonia.
Podczas oczekiwania na Ojca Świętego przez 300-tysięczną rzeszę wiernych na toruńskim lotnisku odbyła się Msza św., poprzedzająca beatyfikację ks. Stefana Wincentego Frelichowskiego, odprawiona przez współwięźnia z obozu koncentracyjnego w Dachau, kard. Adama Kozłowieckiego SJ, pracującego od ponad 50 lat na misjach w Zambii. Piękna sceneria ołtarza papieskiego, nawiązująca formą do gotyckich sklepień strzelistych świątyń Torunia, z głównym elementem - repliką oryginalnej, XIV-wiecznej rzeźby Ukrzyżowania na Drzewie Życia z kościoła św. Jakuba, wreszcie wielobarwne herby miast diecezji i nawiązujące do nich bramy, które wiodły wiernych do poszczególnych sektorów, wszystko to wytworzyło niepowtarzalną atmosferę. Około godz. 18.00 tłum wiernych z wielkim entuzjazmem i wzruszeniem powitał Ojca Świętego śpiewem: "Bądź pozdrowiony, Gościu nasz!". Oprawę liturgiczną przygotował 1200-osobowy chór pod dyrekcją Romana Gruczy.
Biskup Ordynariusz podczas powitania Dostojnego Gościa powiedział m. in.: "Oto przed Tobą, Ojcze Święty, ściele się ziemia toruńska, nadwiślańska, pomorska ziemia nasza, objęta ramionami dwóch rzek: Drwęcy i Osy. Jest to ziemia Wojciechowego szlaku nad Bałtyk, pole misyjnej działalności biskupa Chrystiana, niejako ogród wydający liczne owoce świętości. Tu bowiem w ciągu stuleci rozwijały się kwiaty Jezusowych błogosławieństw: Juta z Chełmży, Jan z Łobdowa, Magdalena z Mortąg, Bernard z Wąbrzeźna, Maria Karłowska, Stefan Frelichowski. Idąc przez tę ziemię, rzucali ziarno na zasiew. Są dla nas natchnieniem i porywającym przykładem - ad maiora. To samo również przypominają gotyckie sklepienia i wieże naszych świątyń, wpisane od wieków w pejzaż tej ziemi, będące świadectwem wiary i wzniosłych dążeń poprzednich pokoleń".
Podczas aktu beatyfikacji Ojciec Święty włączył w poczet błogosławionych ks. Stefana Wincentego Frelichowskiego, będącego - jak to określił bp Andrzej Suski - "żywym i porywającym wzorem dla młodych kapłanów i seminarzystów". Papież otrzymał w darze m. in. relikwie Błogosławionego. Wręczył je Stanisław Bieńka, współwięzień ks. Frelichowskiego w Dachau, który zabezpieczył je w obozie koncentracyjnym. W uroczystości uczestniczyła także siostra Księdza Wicka, Marcjanna Jaczkowska. W czasie modlitewnej refleksji nabożeństwa do Najświętszego Serca Pana Jezusa, któremu przewodniczył kard. Franciszek Macharski, nieodparcie nasuwały się słowa z Dziennika ks. Frelichowskiego: "Muszę być kapłanem wedle serca Chrystusa".
Słowa Ojca Świętego:
"Pozdrawiam bliski memu sercu Toruń i piękne Pomorze Nadwiślańskie" wzbudziły spodziewany aplauz. Papież apelował także: "Niech wołanie o pokój z tego miejsca dotrze do wszystkich na całym świecie. (...) Oby świt Trzeciego Tysiąclecia stał się początkiem nowej ery, w której szacunek dla każdego człowieka i braterska solidarność między narodami przezwyciężą z Bożą pomocą kulturę nienawiści, przemocy i śmierci". Papież zawierzył Diecezję Toruńską Matce Bożej Nieustającej Pomocy i błogosławionemu męczennikowi ks. S. W. Frelichowskiemu.
Spotkanie z Janem Pawłem II w Toruniu w 1999 r. było niewątpliwie najważniejszym wydarzeniem w życiu Diecezji Toruńskiej. Słowa Ojca Świętego, usłyszane 7 czerwca, stały się dla nas drogowskazem i nadzieją na kolejne lata nowego milenium: "Dzięki składam Bogu, że dane mi było dzisiaj nawiedzić Toruń, prastary gród nad Wisłą, i wspólnie z Wami, a także z głębi dziejów Kościoła na tej ziemi, wyznać na nowo Bożemu Sercu: «Twoją jesteśmy własnością i do Ciebie należeć chcemy». Niech to wspólne wyznanie i zawierzenie stanie się bramą Trzeciego Tysiąclecia, radosnym przejściem w nowe czasy".