Ziemia kłodzka była w XI i XII wieku spornym terytorium pomiędzy Polską a Czechami. W 1137 r. po podpisaniu pokoju przez króla Bolesława Krzywoustego i księcia Sobiesława I ziemia ta, jak się miało okazać, na długie lata związana została z państwem czeskim.

Kamień węgielny pod budowę obecnego kościoła parafialnego pw. Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny w Kłodzku położony został przez joannitów po 1344 r. z inicjatywy związanego z miastem arcybiskupa praskiego Arnošta z Pardubic, który budowę świątyni potraktował jako wotum za uzyskanie przez Czechy metropolii kościelnej i uniezależnienie od Kościoła niemieckiego. Przed śmiercią w 1364 r. arcybiskup Arnošt zapisał na budowę kościoła duże sumy pieniędzy. W początkowej fazie jego wznoszenie nie przebiegało pomyślnie. Do czasu wojen husyckich (1419-34) budowniczowie świątyni zdołali podciągnąć mury trójnawowej bazyliki. Prace nabrały tempa od 2. poł. XV wieku.

W latach 1462-68 budowano południową wieżę nazwaną Białą, na której umieszczono krzyż maltański z datą „1465”. Budowa wieży północnej nazwanej Czarną rozpoczęła się w 1487 r., a zakończyła dopiero w latach 20. XVI wieku. W 1482 r. przy północnej elewacji dobudowana została piękna czteroprzęsłowa kaplica zwana Ogrójcem. W latach 1487-90 wykonano sklepienia naw bocznych. Od strony południowej dobudowano zakrystię oraz kaplicę św. Jakuba, którą poświęcono w 1503 r. Sklepienie nawy głównej wykonano w latach 1522-55.

W czasach reformacji kościół Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny w Kłodzku zajęli protestanci. Katolikom na swoje nabożeństwa udało się zachować jedynie część nawy południowej i kaplicę św. Jakuba. W 1624 r. świątynię przejęli jezuici, którzy przybyli do Kłodzka pod koniec XVI wieku. Od razu rozpoczęli barokową przebudowę kościoła oraz wznoszenie kolegium jezuickiego. W 2. poł. XVII wieku przy nawie południowej wybudowano trzy kaplice z zakrystią, a w nawach bocznych empory skierowane ku nawie głównej. W 1683 r. wybudowano Kaplicę Zmarłych, gdzie pochowano jej fundatora – hrabiego Montaniego z Ołdrzychowic Kłodzkich. Podczas modernizacji wnętrza kościoła w latach 1660-70 pracowali sztukatorzy sprowadzeni z północnych Włoch. W 1. poł. XVIII wieku tworzony był wystrój kościoła, który w większości zachował się do dnia dzisiejszego, powstały wtedy między innymi dzieła autorstwa kłodzkiego artysty Michała Klahra: ambona, ołtarze, konfesjonały, chór i prospekt organowy. Prezbiterium oraz bogato zdobiony ołtarz główny autorstwa Krzysztofa Tauscha pochodzą z lat 1727-29. W ołtarzu umieszczona jest bogato zdobiona, pochodząca z XV wieku gotycka figura Kłodzkiej Madonny wykonana z drewna cedrowego. Po jednej stronie ołtarza umieszczona została rzeźba św. Piotra, a po drugiej rzeźba św. Jana Chrzciciela. Kamienne balaski wykonano pod koniec XVII wieku. Ołtarz św. Ignacego Loyoli, wykonany w latach 1712-13, ustawiony jest w absydzie nawy południowej, natomiast ołtarz Franciszka Ksawerego, wykonany w 1739 r., zamyka nawę północną. Przy filarach naw bocznych znajduje się pięć ołtarzy bocznych: Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny, Nawiedzenia, św. Alojzego Gonzagi, św. Barbary i św. Anny Samotrzeciej. W kaplicy św. Jakuba umieszczona jest cenna gotycka figurka Madonny z czyżykiem, pochodząca z końca XIV wieku. Na uwagę zasługuje również nagrobek Arnošta z Pardubic wykonany pod koniec XIV wieku – na tumbie wykonanej z czerwonego marmuru znajduje się rzeźba przedstawiająca leżącą postać arcybiskupa wykonana z białego wapienia. W 1864 r. nagrobek przeniesiono do nawy północnej, a w jego miejsce ustawiono biały, marmurowy pomnik klęczącego arcybiskupa Arnošta, wykonany przez czeskiego rzeźbiarza Jana Jandę. Naprzeciwko portalu głównego wejścia do świątyni znajduje się posąg św. Jana Nepomucena, pochodzący z 1720 r., otoczony kamienną balustradą z figurami aniołków.

Po ponad 300 latach budowy kłodzki kościół Wniebowzięcia NMP przybrał formę, która w niemal niezmienionym kształcie przetrwała do czasów współczesnych. Ostatecznie powstała monumentalna późnogotycka świątynia z kamiennymi murami, stylem nawiązująca do gotyku praskiego. Wnętrze kościoła posiada wystrój głównie barokowy.

W wyniku I wojny śląskiej wchodzące dotąd w skład monarchii austriackiej hrabstwo kłodzkie w 1742 r. przeszło pod panowanie Prus.

W 1776 r., trzy lata po kasacie Zakonu Jezuitów, patronat nad kościołem Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny w Kłodzku przejął Królewsko-Pruski Zarząd Szkół. Po przywróceniu zakonu w 1814 r. do kłodzkiego kościoła powrócili jezuici i pełnią tu swą posługę do dnia dzisiejszego.

Po zakończeniu II wojny światowej i zmianie granic wraz z ludnością polską do Kłodzka z czasem przybyli polscy jezuici, podejmując tu pracę duszpasterską. 15 sierpnia 2016 r. kościół podniesiony został do rangi kolegiaty.