Na początku września 1862 r. Komitet Centralny Narodowy ogłosił się jedynym legalnym i prawowitym rządem przyszłej zjednoczonej Polski. Aby sprawować faktyczną władzę, musiał zabiegać o poparcie całego narodu, w tym duchowieństwa. Czerwoni wprawdzie niewiele mieli wspólnego z Kościołem, ale sprawa odzyskania wolności zjednoczyła wszystkich. W poszczególnych diecezjach zwoływano zjazdy duchowieństwa, które podporządkowywało się Komitetowi Centralnemu. Niektórzy kapłani pełnili funkcję naczelników miast albo w przyszłości oddziałów, a także kapelanów powstańczych. Taki zjazd zorganizowano w Hrubieszowie 16 grudnia. Uczestniczyło w nim dziesięciu duchownych: ks. Feliks Troszczyński - proboszcz z Hrubieszowa, ks. Ignacy Górski - proboszcz z Horodła, ks. Wojciech Makara - proboszcz z Dubienki, ks. Stanisław Skurzyński z Uchań i inni. Komitetowi podporządkowali się także niektórzy kapłani i zakonnicy uniccy, jak ks. Justyn Łada z Kopyłowa bardzo aktywny w powstaniu, ks. Jan Szokalski - proboszcz z Modrynia oraz ks. Michał Liszkiewicz z Gródka nad Bugiem. Tajne organizacje ciągle się powiększały, wstępowało do nich coraz więcej księży, mających świadomość, że w razie wpadki mogą zostać wysłani na Syberię lub nawet straceni. Do duchownych już zaangażowanych w sprawę dołączają jeszcze nowi, jak: proboszcz Łaszczowa ks. Mikołaj Kulaszyński, kleryk z Hrubieszowa Władysław Mieciński, ks. Piotr Rylski - wikary z Tomaszowa, ks. Stanisław Matraś - wikary z Krzeszowa, ks. Jan Chyliczkowski - proboszcz z Goraja, o. Dionizy Tronowski z Puszczy Solskiej i inni.
Władze Centralnego Komitetu oczekiwały od duchowieństwa energicznego działania o charakterze materialnym, duchowym, także organizacyjnego wsparcia ruchu oraz czynnego udziału w charakterze kapelanów oddziałów powstańczych. Tylko na Podlasiu duchownym wyznaczano role kierownicze przy atakach na rosyjskie jednostki. Gdy powstanie na dobre wybuchło, wielu z wymienionych wyżej kapłanów już odbywało kary, ponieważ Rosjanie wpadli na ślad powstańczej organizacji w powiecie chełmskim, hrubieszowskim, zamojskim i tomaszowskim. Mimo aresztowań i surowych kar w oddziałach powstańczych przebywali kapłani diecezjalni i zakonni. Jeśli chodzi o zakony, to najliczniej do powstania poszli dominikanie z Lublina, Janowa Lubelskiego i Krasnobrodu oraz franciszkanie z Lublina, Lubartowa, Chełma, Radecznicy i Puszczy Solskiej. Do nich dołącza także unicki zakon bazylianów z Chełma i z innych klasztorów. W Lubelskim i na Podlasiu przewinęło się przez oddziały powstańcze w latach 1863-64 trzydziestu pięciu przedstawicieli duchowieństwa diecezjalnego i zakonnego. Kilku z nich zginęło, inni złapani przez Rosjan zostali surowo ukarani zsyłką na Syberię lub do Rosji europejskiej, a także uwięzieniem w twierdzach i wysokimi grzywnami. Niektórzy musieli uciekać do zaboru austriackiego. W ramach represji za powstanie Kościół w Polsce poniósł olbrzymie straty. Na wygnanie poszedł arcybiskup warszawski Zygmunt Szczęsny Feliński oraz biskup podlaski Beniamin Szymański. Przy okazji zlikwidowano diecezję podlaską, przyłączając ją do lubelskiej. Czterech kapłanów zostało straconych przez Rosjan. Byli to księża: Agrypin Konarski, Wawrzyniec Lewandowski, Maksym Tarejwa i słynny bohater, ostatni powstaniec ks. Stanisław Brzózka. Przez więzienia przeszło 739 kapłanów z całej Polski, w tym wielu z naszych terenów. Na Syberię i w głąb Rosji wysłano 336 księży. Zlikwidowano prawie wszystkie zakony, kapłani zakonni, jeśli nie zostali uwięzieni, to mogli szukać zajęcia w parafiach jako duchowni diecezjalni. Wiele parafii nie miało przez pewien czas duszpasterzy, przykładem jest tu Krasnystaw i Tomaszów Lubelski.
Na koniec wypada przypomnieć tych kapłanów związanych z naszym terenem, którzy w ruchu niepodległościowym czynnie uczestniczyli i ponieśli za to surowe kary od rządu rosyjskiego zaborcy.
Ks. kan. Andrzej Bojarski urodzony w Hrubieszowie, mieszczanin, który wstąpił najpierw do seminarium unickiego w Chełmie, potem przeniósł się do lubelskiego, wyświęcony 1 maja 1838 r., pracujący najpierw jako wikary w Krasnymstawie, następnie jako proboszcz tej samej parafii. Stał się jednym z głównych inspiratorów patriotycznych wystąpień w mieście i w okolicy; brał udział w manifestacji w Horodle 10 X 1861 r. W wyborach jesienią 1861 r. został wybrany na członka konspiracyjnej rady miejskiej w Krasnymstawie. Aresztowany 20 I 1862 r., został oskarżony o przywództwo we wszystkich wystąpieniach w mieście, o kontakty z osobami knującymi przeciw władzom oraz podtrzymywanie w ludności wrogich nastrojów. Skazany na zamieszkanie pod nadzorem w guberni orenburskiej. Zmarł na wygnaniu 9 V 1879 r.
Ks. Bartłomiej Chwała urodzony w Biłgoraju, mieszczanin, wyświęcony w 1831 r. Był wikarym w Łukowej, Targowisku, Krasnymstawie, Zamościu, od 1845 r. w Biłgoraju, gdzie później pracował jako proboszcz. Oskarżony przez władze, że w czasie manifestacji nie zapobiegał śpiewom patriotycznym w biłgorajskim kościele, że prowadził działalność spiskową i przechowywał polskie sztandary. Ostrzeżony w porę zbiegł do Galicji.
Ks. Jan Chyliczkowski urodzony w Warszawie, szlachcic, w 1854 r. wyświęcony, przeniósł się do diecezji lubelskiej, od 1858 r. pracował jako proboszcz w Goraju. W 1861 r. wybrany członkiem tajnej powiatowej rady zamojskiej. Był dobrym kaznodzieją. Za wygłaszanie podburzających kazań i "niebezpieczną propagandę" skazany w 1862 r. na zamieszkanie pod nadzorem w Wołogdzie, skąd po kilku miesiącach powrócił do Goraja. Mimo bacznej obserwacji ze strony władz rosyjskich kapłan ten w dalszym ciągu utrzymywał kontakty z organizacją narodową. Aresztowany ponownie w 1863 r., przetrzymywany był w Janowie. Udowodniono mu szerokie kontakty z powstańcami, jak: przyjmowanie przysięgi, dawanie powstańcom schronienia oraz jeżdżenie do lasów do oddziałów. Sąd wojenny skazał go na rozstrzelanie, wyrok śmierci został zmieniony przez namiestnika na wygnanie i osiedlenie na Syberii. W 1885 r. po wielu staraniach rodziny pozwolono mu wrócić do Polski, ale nie do Goraja. Zmarł w Brześciu 3 IV 1902 r.
Ks. Jan Garbaczewski urodzony w Siedlcach, mieszczanin, wyświęcony w 1844 r. Był wikarym w Kurowie, następnie administratorem w Gródku i Kryłowie. Aresztowany w 1851 r. w Kryłowie za powiązanie i działalność na rzecz powstania razem z kapłanem unickim z Kopyłowa ks. Justynem Ładą. Znaleziono u niego trzy munsztuki na konie i zeszyt z pieśniami patriotycznymi. Zapłacił tylko dużą grzywnę. Za udzielanie posługi unitom został karnie przeniesiony do Chodla.
Ks. Mikołaj Kulaszyński urodzony w 1828 r., wyświęcony w 1855 r. był wikariuszem w Dysie, przy kolegiacie w Zamościu, następnie objął probostwo w Łaszczowie. Aresztowany w lipcu 1863 r. za szeroką działalność agitacyjną, współpracę z podziemiem, za odbieranie przysięgi od powstańców, za obecność w lasach i pomoc rannym. Znaleziono u niego zakazane gazety i inne przedmioty wskazujące na powiązanie z podziemiem. Wyrokiem sądu skazany na zamieszkanie na Syberii. W 1889 r. zwolniony z zesłania dzięki staraniom wielu dyplomatów przyjechał do Lwowa, gdzie zmarł w 1901 r.
Ks. Stanisław Leonard Matraś urodzony w 1836 r. w Biłgoraju, szlachcic, wyświęcony w 1860 r. pracował jako wikariusz w Krzeszowie nad Sanem. Zaangażowany w ruch powstańczy od samego początku jako członek organizacji wszechstronnie współpracował z powstańcami. W obawie przed aresztowaniem próbował zbiec do Galicji, ale tuż przed samą granicą został schwytany przez chłopów wsi Kulno, przekazany władzom i osadzony w więzieniu w Janowie Lubelskim. Oskarżono go, że "jawnie współdziałał z projektującymi powstanie", że odbierał przysięgę od różnych osób w swojej parafii i od powstańców Nahajskiego. Chłop z Krzeszowic doniósł, że w domu księdza znajduje się skład broni, co zostało udowodnione podczas rewizji. Został pozbawiony wszelkich praw i skazany na osiedlenie się na Syberii. Na miejsce skazania wyruszył 11 V 1863 r., a do Irkucka dotarł 19 IV 1864 r. Większość trudnej drogi przebył pieszo lub na furmankach. Na zesłaniu był bardzo aktywny, pomagał innym powstańcom, duszpasterzował i wspomagał unitów, za co ponownie naraził się Rosjanom. Po długotrwałych usilnych staraniach o zwolnienie i po utracie zdrowia wrócił na krótko do Biłgoraja i następnie wyjechał do Galicji.
Ks. Feliks Troszczyński urodzony w 1804 r. we wsi Dub, szlachcic. W 1829 r. został wyświęcony. Pracował jako proboszcz w Hrubieszowie i Horodle. Był powstańczym naczelnikiem w roku 1848, za co zesłano go do Rosji. Po powrocie z wygnania związał się z ruchem niepodległościowym poprzedzającym powstanie styczniowe. Oskarżono go, że odprawiał nabożeństwa za poległych w Warszawie i dozwalał na "rewolucyjne mowy". Aresztowany w 1864 r. za poświęcenie 22 października krzyża na grobie powstańca na cmentarzu. Zwolniono go z aresztu, ale musiał zapłacić grzywnę. Był szykanowany za posługę duszpasterską wśród unitów, karnie przeniesiono go do Tarnogóry, a następnie do Markuszowa, gdzie zmarł w 1880 r. Był ojcem chrzestnym Bolesława Prusa.
O. Ludwik Turzyniecki, dominikanin, w latach 1859-64 przeor klasztoru w Krasnobrodzie. Oskarżony o to, że w klasztorze przechowywał dwóch powstańców. Został zesłany do Rosji, następnie ułaskawiony, zapłacił tylko grzywnę.
Wykaz duchowieństwa represjonowanego nie jest pełny, wielu duchownych uniknęło kar, dając carskim urzędnikom wysokie łapówki, nie wszystkich też wytropiono.