Papieska wizyta w sanktuarium Bożego Miłosierdzia trwała nieco ponad godzinę. Rozpoczęła się od kaplicy św. Siostry Faustyny. Na tę okazję utworzona została specjalna schola młodych sióstr: postulantek i nowicjuszek, a także dziewcząt z prowadzonego przez Siostry Matki Bożej Miłosierdzia ośrodka. Były gitary, skrzypce, flet, kastaniety. – W krótkiej, rozmowie z delegacją sióstr powiedział: „A czy ty spotykasz Pana Jezusa? Nawet jeśli doświadczasz swojej słabości, upokorzenia, grzechu i upadku, to On właśnie tam na ciebie czeka i wyciąga do ciebie rękę”. Traktujemy te słowa, jako skierowane przez matkę generalną do całego zgromadzenia – powiedziała KAI s. Gracja Szymańska. Papież przez krótką chwilę w ciszy modlił się przed ołtarzem, w którym złożone są relikwie „sekretarki Bożego Miłosierdzia”. Następnie wpisał do księgi pamiątkowej: „Miłosierdzia pragnę, a nie ofiary”. Od sióstr Ojciec Święty otrzymał „Dzienniczek” św. Siostry Faustyny w języku hiszpańskim, obraz Jezusa Miłosiernego, stułę i ornat z wizerunkiem Jezusa Miłosiernego. Specjalny prezent przygotowały też dziewczęta – mieszkanki prowadzonego przez siostry Domu Miłosierdzia, które również wzięły udział w spotkaniu z Ojcem Świętym. Podarowały Franciszkowi osobiście wykonany przez siebie obraz. Franciszek odmówił ze zgromadzonymi modlitwę „Zdrowaś Maryjo” i pobłogosławił ich. Wychodzącego z kaplicy Ojca Świętego żegnał śpiew „Grazie al papa Francesco” oraz „Viva il papa Francesco”, czyli „Dziękujemy papieżowi Franciszkowi” i „Niech żyje papież Franciszek”.

Po dotarciu do bazyliki Franciszek wygłosił krótkie spontaniczne przemówienie. – Wykorzystajmy ten dzień, żebyśmy wszyscy mogli otrzymać miłosierdzie Jezusa – powiedział. Ojciec Święty zachęcał, by nie oddalać się od Jezusa „nawet wtedy, kiedy nam się wydaje, że ze względu na nasze grzechy jesteśmy najgorsi”. – On kocha nas jako takich, w ten sposób także Jego miłosierdzie staje się dla nas rzeczywistością – dodał.

Po przejściu przez Bramę Miłosierdzia Franciszek zajął miejsce w konfesjonale i wyspowiadał kilku młodych ludzi z różnych kontynentów, w językach: włoskim, hiszpańskim i francuskim. Na zakończenie polscy księża przekazali Papieżowi obraz Jezusa Miłosiernego. Ma to być, jak podkreślono, dar od spowiedników służących w tym sanktuarium oraz we wszystkich miejscach na świecie.

Po wyspowiadaniu młodych z różnych kontynentów, Papież modlił się przez chwilę przed głównym ołtarzem sanktuarium Bożego Miłosierdzia, po czym zwrócił się do zgromadzonych z prośbą: „Módlcie się za mnie...”.