W przeszłości panowało przekonanie o harmonii nauki i wiary. Kopernik, Kepler, Newton, Boyle oraz wielu innych dostrzegali głęboką zgodność nauki i religii. Od połowy XIX wieku w nauce kształtuje się tendencja do marginalizacji Boga i rzeczywistości nadprzyrodzonej. Charles Renouvier oświadcza: „Ateizm to prawdziwa metoda naukowa”. A priori, rzekomo dla zachowania neutralnej postawy, modne staje się przyjmowanie perspektywy materializmu i naturalizmu. Materializm zakłada, iż jedyną rzeczywistością jest materia, naturalizm zaś opiera się na założeniu, iż przyroda jest wszystkim, co istnieje. Do tego dodano przesłankę radykalnego racjonalizmu, iż jedynym źródłem poznania jest poznanie rozumowe. Wykluczało to inne źródła poznania np. Objawienie. Zgodnie z tymi założeniami wielu uczonych przyjmuje postawę ateistyczną, przy czym można rozróżnić dwie wersje tego ateizmu: ateizm filozoficzny, który z założenia wyklucza definitywnie istnienie i działanie Boga, oraz ateizm proceduralny lub metodologiczny, który nie chce się wypowiadać się na temat istnienia i działania Boga, oraz deklaruje, iż nauka ogranicza się jedynie do badania dziedziny materialnej. Zwolennicy ateizmu filozoficznego zakładają, że wszechświat jest ciągiem przyczyn naturalnych oraz ze wszystkich sił wykluczają wszelkie teorie naukowe, które mogłyby potwierdzić ślady Boga w otaczającym nas świecie. Gotowi są przyjąć nawet najbardziej absurdalne teorie, o ile pozwalałyby wykluczyć działanie Boga. Na przykład, niektórzy przez wiele lat nie chcieli uznać teorii „Wielkiego Wybuchu”, który mógłby być uznany za akt stworzenia. Astronom i fizyk Lee Smolin pisał, że: „jeśli wszechświat narodził się w określonym punkcie czasu, to ten fakt zostawia otwartą furtkę dla powrotu religii”. Biolog Barry Palevitz stwierdza podobnie: „Wszelkie czynniki nadnaturalne, jako wyjaśnienie świata naturalnego, automatycznie wypadają poza nawias”.

Wykluczyć Stwórcę?

Można byłoby przypuszczać, iż nowoczesna nauka została zaprojektowana tak, by wykluczyć Projektanta wszechświata. Biologowie, choć zdają sobie sprawę, jak niezwykle nieprawdopodobne jest powstanie życia czy zaistnienie świadomości, wolą przyjąć np. teorię przybycia zarodników życia z kosmosu byleby nie uznać Boga jako Stwórcy. Przeciwnicy religii często łączą ateizm filozoficzny z proceduralnym. Zdaniem biologa Willa Provine`a: „Nowoczesna nauka zakłada wprost, że świat jest zbudowany ściśle według zasad determinizmu lub przypadku. Nie ma żadnych celowych zasad w przyrodzie. Nie ma bogów ani racjonalnie poznawalnych sił, które projektowałyby świat”. Oczywiście to nie żadne odkrycie, ale jedynie robocze założenie. Provine i inni naturaliści przyjmują bez dowodu, że wiedza naukowa jest jedyną, która daje prawdziwy i pełny dostęp do rzeczywistości. Odnośnie do materializmu i naturalizmu warto podkreślić, iż doktryny te nigdy nie zostały potwierdzone, gdyż nie da się udowodnić, że rzeczywistość nadnaturalna nie istnieje. Są to jedynie założenia, które nie zostały potwierdzone w toku badań, zostały jedynie narzucone i stały się składnikiem mentalności niektórych ludzi. Czy tego rodzaju założenia da się utrzymać? Otóż może być wiele różnych opisów rzeczywistości, które uwzględniają różne jej aspekty. Znana jest anegdota o ślepcach, którzy dawali rozmaite odpowiedzi, dotykając różnych części słonia. Ponadto, jak twierdzi matematyk Roger Penrose, należy uwzględnić niezdolność nauki do udzielenia odpowiedzi na pytania o istotę i cel rzeczywistości. Nauka bowiem próbuje jedynie ustalić „jak to działa”. Nie jest więc pełnym opisem rzeczywistości, ale co najwyżej opisem jednego jej aspektu.

Ograniczenia materializmu i naturalizmu

Ateizm filozoficzny jest w swoim dogmatyzmie ograniczony, gdy zamyka się na wszelką wiedzę, która przekracza założenia materializmu i naturalizmu. Czy nauka jest ateistyczna? Otóż ze względu na tzw. ateizm metodologiczny można przyjąć, że żyjemy w świecie natury i materii, w którym chcemy poszukiwać wyjaśnień w sferze naturalnej, ograniczając się jedynie do przejawów materialnych. Nie miałoby sensu prowadząc badania w dziedzinie materialnej i nie znajdując wyjaśnienia, szukać od razu wyjaśnienia odwołując się do działania Bożego, gdyż być może po pewnym czasie uda się znaleźć czysto naturalne wyjaśnienie danego zjawiska. Fizyk Paul Davis pisze: „Niezależnie od tego jak zdumiewające i trudne do wyjaśnienia wydaje się nam pewne zjawisko, nigdy nie możemy być absolutnie pewni, że w przyszłości nie odkryjemy procesu naturalnego, który je wyjaśni”. Liczni wierzący w Boga naukowcy nie mają problemu z prowadzeniem badań w dziedzinie nauk przyrodniczych i jednoczesnym wyznawaniem wiary. Np. biolog Francis Collins przyznaje, że jako biolog poszukuje przyrodniczych źródeł powstania życia, zaś jako chrześcijanin uznaje możliwość działania sił nadnaturalnych. Jego zdaniem „Nauka nie jest jedyną drogą do wiedzy”. Astronom Owen Gingerich pisze: „Nauka, tworząc wspaniały obraz natury, działa według ściśle określonych zasad (...) Co nie oznacza, że wszechświat jest pozbawiony boskiej obecności, lecz tylko tyle, iż nauka ze swoimi zasadami nie może funkcjonować inaczej”. Jest przekonany, że „rzeczywistość jest jednak bardziej bogata”, niż jej naukowe odwzorowanie. „Istnieje przestrzeń teistyczna, ukazująca boski wszechświat, w którym Bóg może działać niewykryty przez naukę, ale też niewykluczony przez nią”. Prawda naukowa nie jest całą prawdą. W przeciwieństwie do ateistów uczeni wierzący są o wiele bardziej otwarci na wszelkie rodzaje poznania, także na Objawienie, widzą otaczający nas świat w pełni bogactwa jego materialnych i duchowych aspektów.