Nowy gospodarz „z marszu” podjął działania mające poprawić funkcjonowanie parafii. Poznał ją i ustalił plan działania, który przedstawił wiernym na ogólnym spotkaniu. Od tej chwili wszystkie plany, środki oraz pieniądze miały służyć jednemu: budowie kościoła parafialnego w Wielączy. Pod koniec zebrania poprosił do budynku plebanii członków „komitetu budowy”, dając możliwość rezygnacji starym i przyłączenia się nowym członkom. Komitet wysłuchał protokołu zdawczo-odbiorczego: stan kasy - zero, zapasy materiałowe na sumę 70 tys. zł. Ku wielkiemu zaskoczeniu obecnych Ksiądz Proboszcz sięgnął do kieszeni i na stół położył zwitek banknotów, prosząc, by najbliżej siedzący je przeliczyli. „To jest mój wkład w budowę” - powiedział. Oprócz gotówki do dyspozycji budujących oddał własny ciągnik i samochód osobowy. Wreszcie to, co przez 163 lata było niemożliwe, stało się rzeczywistością: 19 listopada 1989 r. wyszliśmy ze starej kaplicy cmentarnej zbudowanej przez Zamoyskich. Ten dzień był naszą wielką chlubą, zwieńczeniem wielu starań - doczekaliśmy dnia konsekracji nowego kościoła. Ks. proboszcz Stefan Wójtowicz, zawsze skromny, tak mówił podczas Mszy św. w owym dniu: „Słowa mojej homilii niech będą wyrazem szacunku dla tych, którzy ten trud wiele razy już podejmowali. Chcę wyrazić swoją wielką radość z wybudowania tego kościoła i okazać swoją wdzięczność Panu Bogu, ludziom, którzy mi zaufali i powierzyli tą funkcję. Dziękuję Bogu za dar zdrowia i odporności psychicznej, że mogłem sprostać temu zadaniu. Ta budowa była, przynajmniej dla mnie, dowodem działania Opatrzności Bożej. Mój ostatni proboszcz często mi nakazywał - Księżusiu, tyle się kościołów buduje, niech ksiądz jedzie do Biskupa, poprosi o parafię w której trzeba budować i niech ksiądz coś po sobie zostawi. Nie miałem śmiałości narzucać ks. Biskupowi swojej osoby - tak sobie myślałem - Biskup wie jakich ma księży - widocznie są lepsi ode mnie i nic z moich starań nie wyjdzie. Ale przyznam się, że po cichu zazdrościłem tym, którzy budują. A kiedy przeszła 40-ka, zbliżała się 50-ka, uznałem, że już za późno dla mnie budować. Skończyłem w Dzierążni, co było do roboty, na emeryturę jeszcze za wcześnie, posiedzę z rok, trochę odpocznę, poczytam… Któregoś dnia patrzę - idzie powoli, ciekawie się rozglądając ks. inf. Jacek Żórawski z propozycją budowy kościoła właśnie tu, w Wielączy. Była więc to chyba ostatnia szansa. Trzeba to zrobić tanio, bo obciążenia ponad miarę zniechęciłyby ludzi do reszty. Już mury sięgały okien, a niektórzy parafianie zakładali się o duże pieniądze, że nic z tego nie będzie. W tej sytuacji powierzyć komuś budowę to wielkie ryzyko, ale jeszcze tym większa moja odpowiedzialność. Nieomal wszyscy, którzy znali parafię Wielącza mówili mi: na co się ty porywasz, nie tacy jak ty tam nic nie zrobili! Dlatego dziękuję ks. Biskupowi i ks. Infułatowi za zaufanie, a wszystkim parafianom za cierpliwość i spieszenie z wszelką pomocą. Moją wdzięczność kieruję ku współtwórcom tej budowy, którą dzięki nim zrealizowaliśmy w ciągu 4 lat i 5 miesięcy. Sprawa budowy to nasze zadanie życiowe, dziękuję za to wszystkim, którzy, gdy przyszła ich kolejka, przychodzili na budowę, brali wolne w pracy, by wykonać zaplanowane zadania. Są tacy, którzy byli tu na budowie 50 razy! Nie płaciliśmy za nic, co mogliśmy wykonać sami, a wśród nas jest wielu fachowców... Jeżeli chodzi o dług to mamy olbrzymi - wdzięczności dla obecnych i byłych parafian, którzy śpieszyli z pomocą materialną. Szczególne podziękowania składam swoim księżom-współpracownikom za współpracę, piękną i bezkonfliktową. Wprawdzie nie dawałem się w tej pracy wyręczać - ale nie zawsze byłem tam gdzie trzeba - oni bez słowa za mnie to robili. Bóg zapłać”.
Oprócz budowy kościoła Ksiądz Kanonik był obarczony innymi obowiązkami, które świadomie podjął bądź chciał w nich uczestniczyć w związku z powołaniem przez Jana Pawła II diecezji zamojsko-lubaczowskiej. Biskup zlecił mu sprawowanie funkcji ekonoma, co miało związek m.in. z koniecznością budowy i modernizacji seminarium dla potrzeb diecezji, oraz budowy siedziby kurii i Księdza Biskupa. Mimo tak licznych obowiązków, ks. Wójtowicz podołał i temu zadaniu, a zwolniony z obowiązków został dopiero przez bp. Wacława Depo.
Do czasu oficjalnego wprowadzenia religii do szkół proboszcz pokonywał różnorodne trudności związane z organizacją nauki: wynajmem punktów katechetycznych, stworzenie możliwości korzystania z katechezy dla uczniów szkół średnich, itp. Każdej jesieni organizował zbiórki płodów rolnych na potrzeby seminarium. Wszyscy parafianie zauważali, że systematycznie pracuje nad sposobem pojmowania przez ogół podejścia do niesienia pomocy potrzebującym, mocno uaktywniał wszystkie ruchy zbliżające dzieci, młodzież i dorosłych do Boga, kościoła, kapłanów. Za tacę z Mszy św. pogrzebowych fundował pomoc świąteczną dla potrzebujących, by mieli namiastkę świąt.